Équipe Beagle : Artificial Evolution and Computational Biology

Responsable : Guillaume BeslonResponsable adjoint : Hugues BerryFiche de présentation de l'équipe (PDF)
Site WEB de l'équipe
La recherche de Beagle concerne la biologie computationnelle et l'évolution artificielle (génétique numérique). Nous nous positionnons à l'interface entre l'informatique et les sciences du vivant afin de produire de nouvelles connaissances en biologie par le biais de la modélisation et la simulation. En d'autre termes, nous réalisons des artéfacts - du Latin artis factum (une entité créée par l'homme plutôt que par la nature) - et nous les explorons de façon à comprendre la nature. Notre recherche est donc basée sur une stratégie interdisciplinaire : nous développons des formalismes informatiques et des outils logiciels pour la modélisation de systèmes complexes en synergie avec différentes équipes de biologie avec lesquelles nous entretenons des liens étroits. Cette approche, relevant des "sciences numériques" (ou sciences computationnelles) nous permet d'étudier des abstractions de systèmes ou processus biologiques afin de mettre au jour les principes organisationnels des systèmes cellulaires dans une logique de biologie des systèmes.

 

L'équipe Beagle regroupe les membres du LIRIS impliqués dans les activités de l'Equipe Projet Commune INRIA Beagle : https://team.inria.fr/beagle/

Membres de l'équipe

Prénom Nom Statut Établissement Implantation
Christophe Rigotti Maître de conférences Institut National des Sciences Appliquées de Lyon Blaise Pascal (INSA)
Guillaume Beslon Professeur des universités Institut National des Sciences Appliquées de Lyon CEI (INRIA)
Hugues Berry Directeur de Recherche Etablissement hors tutelle Liris CEI (INRIA)
Jonathan Rouzaud-Cornabas Maître de conférences Institut National des Sciences Appliquées de Lyon CEI (INRIA)
Vincent Liard Doctorant Institut National des Sciences Appliquées de Lyon CEI (INRIA)
Audrey Denizot Doctorant Institut National des Sciences Appliquées de Lyon CEI (INRIA)
Marie Fernandez Doctorant Institut National des Sciences Appliquées de Lyon CEI (INRIA)
Par ex., 21/10/2018
Par ex., 21/10/2018
  • Prix du meilleur article à la conférence ALife 2018
    L'équipe Beagle, représentée par Vincent Liard, David Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas et Guillaume Beslon s'est vue décerner le prix du meilleur article lors de la conférence internationale ALife 2018 (International Conference on Artificial Life) en Juillet 2018 à Tokyo pour leurs travaux sur l'évolution de la complexité.
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Publications LIRIS pour l'équipe Artificial Evolution and Computational Biology (Beagle) (192)

  • 2018 (12)
    • Revues (7)
      • Revues internationales avec comité de lecture (7)
        •  Alexandre Foncelle, Alexandre Mendes, Joanna Jedrzejewska-Szmek, Silvana Valtcheva, Hugues Berry, Kim Blackwell & Laurent Venance (2018). « Modulation of spike-timing dependent plasticity: towards the inclusion of a third factor in computational models ». Frontiers in Computational Neuroscience, vol. 12, p. 49. doi : 10.3389/fncom.2018.00049. HAL : hal-01809075. .
        •  Chenju Yi, Jérémy Theillon, Annette Koulakoff, Hugues Berry & Christian Giaume (2018). « Monitoring gap junctional communication in astrocytes from acute adult mouse brain slices using the gap-FRAP technique ». Journal of Neuroscience Methods, vol. 303, pp. 103-113. doi : 10.1016/j.jneumeth.2018.03.005. HAL : hal-01734652. .
        •  Yihui Cui, Yan Yang, Zheyi Ni, Yiyan Dong, Guohong Cai, Alexandre Foncelle, Shuangshuang Ma, Kangning Sang, Siyang Tang et al. (2018). « Astroglial-Kir4.1 in Lateral Habenula Drives Neuronal Bursts to Mediate Depression ». Nature, vol. 554, pp. 323-327. doi : 10.1038/nature25752. HAL : hal-01683191. .
        •  Franziska Oschmann, Hugues Berry, Klaus Obermayer & Kerstin Lenk (2018). « From in silico astrocyte cell models to neuron-astrocyte network models: A review ». Brain Research Bulletin, vol. 136, pp. 76-84. doi : 10.1016/j.brainresbull.2017.01.027. HAL : hal-01461928. .
        •  Hao Xu, Sylvie Pérez, Amandine Cornil, Bérangère Detraux, Ilya Prokin, Yihui Cui, Bertrand Degos, Hugues Berry, Alban De Kerchove D'exaerde & Laurent Venance (2018). « Dopamine-endocannabinoid interactions mediate spike-timing dependent potentiation in the striatum ». Nature Communications, vol. 9, p. 4118. doi : 10.1038/s41467-018-06409-5. HAL : hal-01865929. .
        •  Yihui Cui, Ilya Prokin, Alexandre Mendes, Hugues Berry & Laurent Venance (2018). « Robustness of STDP to spike timing jitter ». Scientific Reports, vol. 8, 1, 8139:1-15. doi : 10.1038/s41598-018-26436-y. HAL : hal-01788826. .
        •  Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Tuan Nguyen, Felicity Lodge, Lionel Gueguen, Rémi Andréoli, Marie-Pierre Doin & Mihai Datcu (2018). « Ranking evolution maps for Satellite Image Time Series exploration: application to crustal deformation and environmental monitoring ». Data Mining and Knowledge Discovery, pp. 1-37. doi : 10.1007/s10618-018-0591-9. HAL : hal-01898015.
    • Conférences (4)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (4)
        •  Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Emmanuel Trouvé & Jean-Louis Mugnier (2018). « Finding Complementary and Reliable Patterns in Displacement Field Time Series of Alpine Glaciers ». IGARSS 2018 - IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, 27 juillet 2018, Valencia (Espagne), pp. 4213-4216. HAL : hal-01868749. .
        •  Vincent Liard, David Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2018). « The Complexity Ratchet: Stronger than selection, weaker than robustness ». ALIFE 2018 - the 2018 conference on artificial Life, 27 juillet 2018, Tokyo (Japon), pp. 1-8. doi : 10.1162/isal_a_00051. HAL : hal-01882628. .
        •  Guillaume Beslon, Santiago Elena, Paulien Hogeweg, Dominique Schneider & Susan Stepney (2018). « Evolving Living Technologies-Insights from the EvoEvo project ». SSBSE 2018 - 10th Symposium on Search-Based Software Engineering, 9 septembre 2018, Montpellier (France), pp. 46-62. doi : 10.1007/978-3-319-99241-9_2. HAL : hal-01882636. .
        •  Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Anthony Rossi & Guillaume Beslon (2018). « Weight-based search to find clusters around medians in subspaces ». SAC 2018 - ACM Symposium On Applied Computing, 13 avril 2018, Pau (France), pp. 1-10. HAL : hal-01869974. .
    • Autres (1)
      •  Joel Lehman, Jeff Clune, Dusan Misevic, Christoph Adami, Julie Beaulieu, Peter J. Bentley, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, David M. Bryson et al. (2018). « The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities ». ArXiv : 1803.03453. HAL : hal-01735473.
  • 2017 (13)
    • Revues (4)
      • Revues internationales avec comité de lecture (4)
    • Conférences (6)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (4)
        •  Sergio Peignier, Jonas Abernot, Christophe Rigotti & Guillaume Beslon (2017). « EvoMove: Evolutionary-based living musical companion ». European Conference on Artificial Life (ECAL), 8 septembre 2017, Villeurbanne (France), pp. 1-8. HAL : hal-01569091. .
        •  Vincent Liard, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Nicolas Comte & Guillaume Beslon (2017). « A 4-base model for the Aevol in-silico experimental evolution platform ». European Conference on Artificial Life, 8 septembre 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569097. .
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2017). « Environmental seasonality drives digital populations towards stable cross-feeding ». European Conference on Artificial Life (ECAL), 8 septembre 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569093. .
        •  Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Emmanuel Trouvé & Noel Gourmelen (2017). « Handling coherence measures of displacement field time series: Application to Greenland ice sheet glaciers ». 9th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images (MultiTemp), 29 septembre 2017, Brugge (Belgique), pp. 1-4. doi : 10.1109/Multi-Temp.2017.8035228. HAL : hal-01591461.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (2)
        •  Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2017). « Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools ». ALPHY (ALignments and PHYlogeny), 2 février 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569078. .
        •  Elodie Scholastique, Catherine Pothier, Louis Vinet, Christophe Rigotti & Nicole Bouillod (2017). « 3D Geomodelling Contribution to the Mapping of Gravitational Hazards on the Hill of Croix-RousseE ». Journées Aléas Gravitaires (JAG), 25 octobre 2017, Besançon (France), pp. 1-4. HAL : hal-01596585. .
    • HDR, thèses (1)
      • Thèses (1)
        •  Sergio Peignier (2017). « Subspace Clustering on Static Datasets and Dynamic Data Streams Using Bio­-Inspired Algorithms ». HAL : tel-01697499. .
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  Nicolas Méger, Edoardo Pasolli, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé & Farid Melgani (2017). « Satellite Image Time Series: mathematical models for data mining and missing data restoration ». Mathematical Models for Remote Sensing Image Processing, Gabriele Moser, Josiane Zerubia, Springer International Publishing, pp. 357-398. doi : 10.1007/978-3-319-66330-2. HAL : hal-01567675.
    • Autres (1)
      •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago F Elena (2017). « Testing evolution predictability using the aevol software ». 16th international meeting of the European Society of Evolutionary Biology (ESEB 2017), 25 août 2017, Groningen (Pays-Bas). HAL : hal-01577115. .
  • 2016 (36)
    • Revues (7)
      • Revues internationales avec comité de lecture (7)
        •  Avelyne S. Villain, Marie S. A. Fernandez, Colette Bouchut, Hédi Soula & Clémentine Vignal (2016). « Songbird mates change their call structure and intra-pair communication at the nest in response to environmental noise ». Animal Behaviour, vol. 116, pp. 113-129. doi : 10.1016/j.anbehav.2016.03.009. HAL : hal-01404754. .
        •  Marie S. A. Fernandez, Hedi Soula, Mylène M. Mariette & Clémentine Vignal (2016). « A New Semi-automated Method for Assessing Avian Acoustic Networks Reveals that Juvenile and Adult Zebra Finches Have Separate Calling Networks. ». Frontiers in Psychology. doi : 10.3389/fpsyg.2016.01816. HAL : hal-01435346. .
        •  Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe & Eric Tannier (2016). « Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation ». Genome Biology and Evolution, vol. 8, 5, pp. 1427-1439. doi : 10.1093/gbe/evw083. HAL : hal-01334923. .
        •  Wolfgang Banzhaf, Bert Baumgaertner, Guillaume Beslon, René Doursat, James A Foster, Barry Mcmullin, Vinicius Veloso De Melo, Thomas Miconi, Lee Spector et al. (2016). « Defining and simulating open-ended novelty: requirements, guidelines, and challenges. ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences. doi : 10.1007/s12064-016-0229-7. HAL : hal-01323108.
        •  Tim Taylor, Mark Bedau, Alastair Channon, David Ackley, Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Emily Dolson, Tom Froese, Simon Hickinbotham et al. (2016). « Open-Ended Evolution: Perspectives from the OEE Workshop in York ». Artificial Life, vol. 22, 3, pp. 408-423. doi : 10.1162/ARTL_a_00210. HAL : hal-01371116. .
        •  Yihui Cui, Ilya Prokin, Hao Xu, Bruno Delord, Stéphane Genet, Laurent Venance & Hugues Berry (2016). « Endocannabinoid dynamics gate spike-timing dependent depression and potentiation ». eLife, vol. 5, e13185 (32 pages. doi : 10.7554/eLife.13185. HAL : hal-01279901. .
        •  Hugues Berry, Thomas Lepoutre & Álvaro Mateos González (2016). « Quantitative convergence towards a self similar profile in an age-structured renewal equation for subdiffusion ». Acta Applicandae Mathematicae, 145, pp. 15-45. ArXiv : 1503.08552. HAL : hal-01136667. .
    • Conférences (13)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (10)
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375677. .
        •  Jérôme Gippet, Serge Fenet, Adeline Dumet, Bernard Kaufmann & Charles Rocabert (2016). « MoRIS: Model of Routes of Invasive Spread. Human-mediated dispersal, road network and invasion parameters ». 5th International Conference on Ecology and Transportation: Integrating Transport Infrastructures with Living Landscapes, 2 juin 2016, Lyon (France). HAL : hal-01412280.
        •  Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). « Comparative Genomics on Artificial Life ». Computability in Europe, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
        •  Youen Pericault, Catherine Pothier, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Flavien Vernier, Christophe Rigotti & Jean-Philippe Malet (2016). « Grouped frequent sequential patterns derived from terrestrial image time series tomonitor landslide behaviour – Application to the dynamics of the Sanières/Roche Plombée rockslide. ». Geophysical Research Abstracts - EGU General Assembly 2016, 22 avril 2016, Vienna (Autriche). HAL : hal-01306556.
        •  Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier & Rémi Andréoli (2016). « SITS-P2miner: Pattern-Based Mining of Satellite Image Time Series ». European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML-PKDD) Demo, 23 septembre 2016, Riva del Garda (Italie), pp. 63-66. doi : 10.1007/978-3-319-46131-1_14. HAL : hal-01367996.
        •  Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2016). « A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments ». Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, 19 juin 2016, Huddersfield (Royaume-Uni), pp. 1-8. HAL : hal-01368034.
        •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago Elena (2016). « Evolvability drives innovation in viral genomes ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (France). HAL : hal-01375665. .
        •  Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution suggests a complex intertwining of selection, robustness and drift in the evolution of genetic networks complexity ». Artificial Life, 8 juillet 2016, Cancun (Mexique). HAL : hal-01375645. .
        •  Susan Stepney & Guillaume Beslon (2016). « Open-Endedness: Definitions and Shortcuts ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375671. .
        •  Jacob Rutten, Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). « Evolution of mutator populations in constant environments ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375669. .
      • Conférences nationales avec comité de lecture (3)
        •  Catherine Pothier, Rémi Andréoli, Nicolas Méger & Christophe Rigotti (2016). « Suivi de l'érosion par imagerie satellite et fouille de données spatio-temporelles ». Journées Nationales de Géotechnique et de Géologie de l'Ingénieur, 8 juillet 2016, Nancy (France), pp. 1-8. HAL : hal-01367992.
        •  Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics ». Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 juin 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657. .
        •  Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet et al. (2016). « Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie ». IC2016: Ingénierie des Connaissances, 6 juin 2016, Montpellier (France). HAL : hal-01442727. .
    • HDR, thèses (1)
      • Thèses (1)
        •  Ilya Prokin (2016). « Synaptic plasticity emerging from chemical reactions ». HAL : hal-01514357.
    • Rapports (14)
    • Autres (1)
  • 2015 (21)
    • Revues (6)
      • Revues internationales avec comité de lecture (6)
        •  Yihui Cui, Vincent Paille, Hao Xu, Stéphane Genet, Bruno Delord, Elodie Fino, Hugues Berry & Laurent Venance (2015). « Endocannabinoids mediate bidirectional striatal spike-timing dependent plasticity ». Journal of Physiology, vol. 593, 13, pp. 2833-2849. doi : 10.1113/JP270324. HAL : hal-01141205. .
        •  Zayna Chaker, Saba Aïd, Hugues Berry & Martin Holzenberger (2015). « Suppression of IGF-I signals in neural stem cells enhances neurogenesis and olfactory function during aging ». Aging Cell, pp. 847-856. doi : 10.1111/acel.12365. HAL : hal-01163564. .
        •  Peggy Cellier, Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux, Olivier Gandrillon, Jiri Klema & Jean-Luc Manguin (2015). « Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts ». Journal of Biomedical Semantics, vol. 6, pp. 1-27. doi : 10.1186/s13326-015-0023-3. HAL : hal-01192959.
        •  Emilie C Perez, Marie Fernandez, Simon C. Griffith, Clémentine Vignal & Hedi Soula (2015). « Impact of visual contact on vocal interaction dynamics of pair bonded birds ». Animal Behaviour, vol. 107, pp. 125-137. doi : 10.1016/j.anbehav.2015.05.019. HAL : hal-01253146. .
        •  Ophélie Arnaud, Sam Meyer, Elodie Vallin, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2015). « Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells ». BMC Molecular Biology. doi : 10.1186/s12867-015-0048-2. HAL : hal-01248384.
        •  C. Langlois, Thierry Douillard, Hui Yuan, Nicholas Blanchard, Armel Descamps-Mandine, Bertrand Van De Moortèle, Christophe Rigotti & Thierry Epicier (2015). « Crystal orientation mapping via ion channeling: An alternative to EBSD ». Ultramicroscopy, vol. 157, pp. 65-72. doi : 10.1016/j.ultramic.2015.05.023. HAL : hal-01226846.
    • Conférences (9)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (9)
        •  Sergio Peignier, Christophe Rigotti & Guillaume Beslon (2015). « Subspace Clustering Using Evolvable Genome Structure ». Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO), 11 juillet 2015, Madrid (Espagne), pp. 575-582. HAL : hal-01199136.
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2015). « Towards a Integrated Evolutionary Model to Study Evolution of Evolution ». EvoEvo Workshop (Satellite workshop of ECAL 2015), 24 juillet 2015, York (Royaume-Uni). HAL : hal-01252796. .
        •  Arnaud Lefray, Eddy Caron, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Christian Toinard (2015). « Microarchitecture-Aware Virtual Machine Placement under Information Leakage Constraints ». 8th IEEE International Conference on Cloud Computing (IEEE Cloud 2015), 2 juillet 2015, New-York (États-Unis), pp. 588-595. doi : 10.1109/CLOUD.2015.84. HAL : hal-01240573. .
        •  Aline Bousquet, Jérémy Briffaut, Eddy Caron, Eva María Dominguez, Javier Franco, Arnaud Lefray, Oscar López, Saioa Ros, Jonathan Rouzaud-Cornabas et al. (2015). « Enforcing Security and Assurance Properties in Cloud Environment ». 8th IEEE/ACM International Conference on Utility and Cloud Computing (UCC 2015), 10 décembre 2015, Limassol (Chypre). HAL : hal-01240557. .
        •  Youen Pericault, Catherine Pothier, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Flavien Vernier, Ha-Tai Pham & Emmanuel Trouvé (2015). « A swap randomization approach for mining motion field time series over the Argentiere glacier ». 2015 8th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), 24 juillet 2015, Annecy (France), pp. 1-4. doi : 10.1109/Multi-Temp.2015.7245757. HAL : hal-01237206.
        •  Sergio Peignier, Christophe Rigotti & Guillaume Beslon (2015). « Subspace Clustering for all Seasons ». EvoEvo Workshop (satellite workshop of ECAL 2015), 24 juillet 2015, york (Royaume-Uni), pp. 1-3. HAL : hal-01252793. .
        •  Nicolas Méger, Christophe Rigotti & Catherine Pothier (2015). « Swap Randomization of Bases of Sequences for Mining Satellite Image Time Series ». European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD), 11 septembre 2015, Porto (Portugal), pp. 190-205. HAL : hal-01200674.
        •  Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2015). « Epigenetic inheritance speeds up evolution of artificial organisms ». European Conference on Artificial Life, York (Royaume-Uni). doi : 10.7551/978-0-262-33027-5-ch078. HAL : hal-01248383. .
        •  Jérôme Gippet, Charles Rocabert, Serge Fenet, Adeline Dumet & Bernard Kaufmann (2015). « Modeling and evaluating human-mediated dispersal mechanisms at landscape scale: a study of road network and invasion parameters for Lasius neglectus ants invasive species ». World Conference on Natural Resource Modeling, 29 juin 2015, Bordeaux (France). HAL : hal-01242828. .
    • Rapports (6)
  • 2014 (23)
    • Revues (11)
      • Revues internationales avec comité de lecture (11)
        •  Jules Lallouette, Maurizio De Pittà, Eshel Ben Jacob & Hugues Berry (2014). « Sparse short-distance connections enhance calcium wave propagation in a 3D model of astrocyte networks ». Frontiers in Computational Neuroscience, vol. 8, 45 (18 pages. doi : 10.3389/fncom.2014.00045. HAL : hal-00967106. .
        •  Jules Lallouette, Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob & Hugues Berry (2014). « The topology of astrocyte networks controls the propagation of intercellular calcium waves ». BMC Neuroscience, vol. 15, Suppl 1, 205 (2 pages. HAL : hal-01026523. .
        •  Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon & Hugues Berry (2014). « Comments to the Editor. Reply to the Comment by V.P. Shkilev on "Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium" ». Biophysical Journal, vol. 106, 11, pp. 2544-2546. doi : 10.1016/j.bpj.2014.03.052. HAL : hal-00956603. .
        •  Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob & Hugues Berry (2014). « Astrocytic theory of working memory ». BMC Neuroscience, vol. 15, Suppl 1, 206 (2 pages. HAL : hal-01026524. .
        •  Sam Meyer & Guillaume Beslon (2014). « Torsion-Mediated Interaction between Adjacent Genes ». PLoS Computational Biology, vol. 10, 9, e1003785. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003785. HAL : hal-01090990. .
        •  Guillaume Corre, Daniel Stockholm, Ophélie Arnaud, Gaël Kaneko, José Viñuelas, Yoshiaki Yamagata, Thi My Anh Neildez-Nguyen, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon et al. (2014). « Stochastic Fluctuations and Distributed Control of Gene Expression Impact Cellular Memory ». PLoS ONE, vol. 9, 12, e115574. doi : 10.1371/journal.pone.0115574. HAL : hal-01370311. .
        •  Bérénice Batut, Carole Knibbe, Gabriel Marais & Vincent Daubin (2014). « Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum ». Nature Reviews Microbiology, vol. 12, 12, pp. 841-850. doi : 10.1038/nrmicro3331. HAL : hal-01092392.
        •  Amanda Lo Van, Hédi Soula & Hugues Berry (2014). « Space-induced bifurcation in repression-based transcriptional circuits ». BMC Systems Biology, vol. 8, 125 (14 pages. HAL : hal-01068558. .
        •  Stephan Fischer, Samuel Bernard, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2014). « A Model for Genome Size Evolution ». Bulletin of Mathematical Biology, vol. 76, 9, pp. 2249-2291. doi : 10.1007/s11538-014-9997-8. HAL : hal-01090984. .
        •  Gilad Wallach, Jules Lallouette, Nitzan Herzog, Maurizio De Pittà, Eshel Ben Jacob, Hugues Berry & Yael Hanein (2014). « Glutamate Mediated Astrocytic Filtering of Neuronal Activity ». PLoS Computational Biology, vol. 12, 10, e1003964 (19 pages. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003964. HAL : hal-01077738. .
        •  Hugues Berry & H. A. Soula (2014). « Spatial distributions at equilibrium under heterogeneous transient subdiffusion ». Frontiers in Physiology, vol. 5, 437 (8 pages. doi : 10.3389/fphys.2014.00437. HAL : hal-01077735. .
    • Conférences (5)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (4)
        •  Felicity Lodge, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier & Marie-Pierre Doin (2014). « Iterative Summarization of Satellite Image Time Series ». IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS 2014), Québec (Canada). HAL : hal-01091940.
        •  Carole Knibbe & David Parsons (2014). « What happened to my genes? Insights on gene family dynamics from digital genetics experiments ». ALIFE 14 (14th Intl. Conf. on the Synthesis and Simulation of Living Systems), 30 juillet 2014, New York, NY (États-Unis), pp. 33-40. doi : 10.7551/978-0-262-32621-6-ch006. HAL : hal-01093110.
        •  Eddy Caron & Jonathan Rouzaud-Cornabas (2014). « Improving Users' Isolation in IaaS: Virtual Machine Placement with Security Constraints ». 7th IEEE International Conference on Cloud Computing (IEEE Cloud 2014), 2 juin 2014, Anchorage (États-Unis), p. 8. doi : 10.1109/CLOUD.2014.19. HAL : hal-01240592. .
        •  Jeremie Naudé, Bruno Cessac, Hugues Berry & Bruno Delord (2014). « Effects of Cellular Homeostatic Intrinsic Plasticity on Dynamical and Computational Properties of Biological Recurrent Neural Networks ». LACONEU 2014, 31 janvier 2014, Valparaiso (Chili), 1 page. HAL : hal-01095601.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  Christophe Rigotti, Felicity Lodge, Nicolas Méger, Catherine Pothier, Romain Jolivet & Cécile Lasserre (2014). « Monitoring of Tectonic Deformation by Mining Satellite Image Time Series ». Reconnaissance de Formes et Intelligence Artificielle (RFIA) 2014, 4 juillet 2014, Rouen (France), p. 6. HAL : hal-00988907. .
    • HDR, thèses (1)
      • Thèses (1)
        •  Bérénice Batut (2014). « Étude de l'évolution réductive des génomes bactériens par expériences d'évolution in silico et analyses bioinformatiques ». HAL : tel-01092571. .
    • Rapports (6)
  • 2013 (16)
    • Revues (7)
      • Revues internationales avec comité de lecture (7)
        •  Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Marc Plantevit & Olivier Gandrillon (2013). « Finding maximal homogeneous clique sets ». Knowledge and Information Systems (KAIS), vol. 35, 1, pp. 1-30. doi : 10.1007/s10115-013-0625-y. HAL : hal-00827164.
        •  Anne-Sophie Coquel, Jean-Pascal Jacob, Maël Primet, Alice Demarez, Mariella Dimiccoli, Thomas Julou, Lionel Moisan, Ariel Lindner & Hugues Berry (2013). « Localization of protein aggregation in Escherichia coli is governed by diffusion and nucleoid macromolecular crowding effect ». PLoS Computational Biology, vol. 9, 4, e1003038 (14 pages. doi : 10.1371/journal.pcbi.100303. ArXiv : 1303.1904. HAL : hal-00798053. .
        •  Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon & Hugues Berry (2013). « Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium ». Biophysical Journal, vol. 105, 9, pp. 2064-2073. doi : 10.1016/j.bpj.2013.07.023. ArXiv : 1207.5725. HAL : hal-00720515. .
        •  Jérémie Naudé, Bruno Cessac, Hugues Berry & Bruno Delord (2013). « Effects of Cellular Homeostatic Intrinsic Plasticity on Dynamical and Computational Properties of Biological Recurrent Neural Networks. ». Journal of Neuroscience, vol. 33, 38, pp. 15032-15043. doi : 10.1523/JNEUROSCI.0870-13.2013. HAL : hal-00844218. .
        •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Elodie Vallin, Valérie Morin, Camila Mejia-Pous, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2013). « Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts. ». BMC Biology, vol. 11, 1, p. 15. doi : 10.1186/1741-7007-11-15. HAL : inserm-00817963. .
        •  Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2013). « In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios ». BMC Bioinformatics, vol. 14, Suppl 15, S11. HAL : hal-00873232. .
        •  Bertrand R Caré & Hédi A Soula (2013). « Receptor clustering affects signal transduction at the membrane level in the reaction-limited regime. ». Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, vol. 87, 1, p. 012720. doi : 10.1103/PhysRevE.87.012720. HAL : hal-00858439. .
    • Conférences (4)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (2)
        •  Guillaume Beslon, Bérénice Batut, David P. Parsons, Dominique Schneider & Carole Knibbe (2013). « An alife game to teach evolution of antibiotic resistance ». ECAL - 12th European Conference on Artificial Life - 2013, 6 septembre 2013, Taormina (Italie). HAL : hal-00849345.
        •  Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance & Hugues Berry (2013). « Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach ». the Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting: CNS*2013, 13 juillet 2013, Paris (France), O1 (2 pages. doi : 10.1186/1471-2202-14-S1-O1. HAL : inserm-00842298. .
      • Conférences nationales avec comité de lecture (2)
        •  Felicity Lodge, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Lionel Gueguen, Catherine Pothier, Remi Andreoli, Marie-Pierre Doin & Mihai Datcu (2013). « GFS-pattern extraction in satellite image time series: application to the monitoring of Mount Etna ». Atelier Mesure de Déformations par Imagerie Spatiale, 17 octobre 2013, Autrans (France), pp. 1-1. HAL : hal-01339287.
        •  Christophe Rigotti, Nicolas Meger, Felicity Lodge & Catherine Pothier (2013). « Fouille de données spatio-temporelles appliquée aux séries d'images satellite ». Cité des Sciences et de l'Industrie - Rencontres du Numérique de l'ANR, 17 avril 2013, Paris (France). HAL : hal-01339286.
    • HDR, thèses (1)
      • Thèses (1)
        •  Gaël Kaneko (2013). « Analyse et modélisation de la stochasticité de l'expression génique dans des cellules eucaryotes ». HAL : tel-00926607. .
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (3)
      •  Hugues Berry & Guillaume Beslon (2013). « De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs ». Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, Paris. HAL : hal-00815550.
      •  Hugues Berry (2013). « Modélisation de la diffusion-réaction dans les milieux intracellulaires encombrés ». Le vivant discret et continu, Glade, Nicolas and Stéphanou, Angélique, Editions Matériologiques, pp. 241-266. HAL : hal-00858738.
      •  Carole Knibbe (2013). « L'évolution expérimentale in silico ». Modéliser et simuler - Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation - Tome 1, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, pp. 581-610. HAL : hal-00850175.
    • Autres (1)
      •  Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance & Hugues Berry (2013). « Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach ». Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting : CNS 2013, 18 juillet 2013, Paris (France). HAL : hal-00842299. .
  • 2012 (21)
    • Revues (7)
      • Revues internationales avec comité de lecture (7)
        •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2012). « Towards experimental manipulation of stochasticity in gene expression. ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, epub ahead of print. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.04.010. HAL : hal-00720054.
        •  Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2012). « New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution ». Nature Reviews Microbiology, vol. 10, pp. 352-365. HAL : hal-00696231.
        •  Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé, Romain Jolivet & Philippe Bolon (2012). « Efficient Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring ». Transactions on Machine Learning and Data Mining, vol. 5, 1, pp. 23-44. HAL : hal-00702433.
        •  Hédi Soula, Antoine Coulon & Guillaume Beslon (2012). « Membrane microdomains emergence through non-homogeneous diffusion. ». BMC Biophysics, vol. 5, 1, p. 6. doi : 10.1186/2046-1682-5-6. HAL : inserm-00768564. .
        •  Sebastian Grauwin, Guillaume Beslon, Eric Fleury, Sara Franceschelli, Céline Robardet, Jean-Baptiste Rouquier & Pablo Jensen (2012). « Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity ». Journal of the American Society for Information Science and Technology, 10.1002/asi.22644. doi : 10.1002/asi.22644. ArXiv : 1206.2216. HAL : hal-00706567. .
        •  Olivier Gandrillon, Delphine Kolesnik-Antoine, Jean-Jacques Kupiec & Guillaume Beslon (2012). « Chance at the heart of the cell ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, vol. 110, 1, pp. 1-4. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.05.006. HAL : hal-00720052.
        •  Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Vladimir Parpura, Andrea Volterra & Eshel Ben-Jacob (2012). « Computational quest for understanding the role of astrocyte signaling in synaptic transmission and plasticity ». Frontiers in Computational Neuroscience, vol. 6, 98 (25 pages. doi : 10.3389/fncom.2012.00098. HAL : hal-00762313. .
    • Conférences (9)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (9)
        •  Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti & Olivier Gandrillon (2012). « Finding Collections of Protein Modules in Protein-Protein Interaction Networks ». Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), Las Vegas (États-Unis), pp. 216-222. HAL : hal-00758858.
        •  Jules Lallouette & Hugues Berry (2012). « Topology drives calcium wave propagation in 3d astrocyte network ». Proceedings of the European Conference on Complex Systems 2012, 3 septembre 2012, Bruxelles (Belgique), pp. 453-463. doi : 10.1007/978-3-319-00395-5_56. HAL : hal-01339151.
        •  Jules Lallouette & Hugues Berry (2012). « Topology drives calcium wave propagation in 3D astrocyte networks ». European Conference on Complex Systems 2012, Bruxelles (Belgique), pp. 453-463. HAL : hal-00758998. .
        •  Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti & Olivier Gandrillon (2012). « Finding Collections of k-Clique Percolated Components in Attributed Graphs ». Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), Kuala Lumpur (Malaisie), pp. 181-192. HAL : hal-00758843.
        •  Bertrand Caré & Hedi Soula (2012). « The Effect of Membrane Receptor Clustering on Spatio- temporal Cell Signalling Dynamics ». Proceedings of the 9th International Conference on Information Processing in Cells and Tissues 2012, Cambridge (Royaume-Uni), pp. 50-61. doi : 10.1007/978-3-642-28792-3_8. HAL : hal-00759519.
        •  Bertrand Caré & Hedi Soula (2012). « Impact of Receptor clustering on the membrane-based stage of a signalling pathway ». BICOB, Las Vegas (États-Unis). HAL : hal-00759520.
        •  Dusan Misevic, Antoine Frenoy, David Parsons & Francois Taddei (2012). « Effects of public good properties on the evolution of cooperation ». Proceedings of Artificial Life XIII, 22 juillet 2012, East Lansing (États-Unis), pp. 218-225. HAL : hal-00759140.
        •  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2012). « The Paradoxical Effects of Allelic Recombination on Fitness ». Proceedings of Artificial Life XIII, 22 juillet 2012, East Lansing (France), pp. 536-537. HAL : hal-00759142.
        •  Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Lionel Gueguen, Felicity Lodge, Catherine Pothier, Remi Andreoli & Mihai Datcu (2012). « Normalized Mutual Information-Based Ranking of Spatio-Temporal Localization Maps ». 8th European Spatial Agency (ESA) - EUSC - JRC Conference on Image Information Mining, 24 octobre 2012, Oberpfaffenhofen (Allemagne), pp. 11-14. HAL : hal-01353105.
    • HDR, thèses (3)
      • Thèses (3)
        •  Anne-Sophie Coquel (2012). « Dynamique de l'agrégation protéique chez la bactérie Escherichia coli ». HAL : tel-00778887. .
        •  Pierre-Nicolas Mougel (2012). « Finding homogeneous collections of dense subgraphs using constraint-based data mining approaches ». HAL : tel-00858751. .
        •  Bertrand Caré (2012). « Individual-based models for the functional impact of signalling proteins spatial distribution and diffusion heterogeneity ». HAL : tel-00858499. .
    • Autres (2)
      •  Jules Lallouette, Mati Goldberg, Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob & Hugues Berry (2012). « The remarkable effect of network topology on calcium wave propagation in astrocyte networks ». Multidisciplinary approaches to quantify astrocyte neuron signaling, 14 juillet 2012, Barcelona (Espagne). HAL : hal-00759232. .
      •  Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). « Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution ». SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 juin 2012, Dublin (Irlande). HAL : hal-00762597.
  • 2011 (15)
    • Revues (6)
      • Revues internationales avec comité de lecture (5)
        •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Hédi Soula (2011). « Enhanced Stimulus Encoding Capabilities with Spectral Selectivity in Inhibitory Circuits by STDP ». Neural Computation, vol. 23, 4, pp. 882-908. HAL : inria-00593704.
        •  Bertrand Caré & Hédi Soula (2011). « Impact of receptor clustering on ligand binding. ». BMC Systems Biology, vol. 5, 1, p. 48. doi : 10.1186/1752-0509-5-48. HAL : inserm-00663665. .
        •  Andreea Julea, Nicolas Méger, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Marie-Pierre Doin, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé & Vasile N. Lazarescu (2011). « Unsupervised Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series Using Grouped Frequent Sequential Patterns ». IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, vol. 49, 4, pp. 1417-1430. doi : 10.1109/TGRS.2010.2081372. HAL : hal-00596806.
        •  Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin et al. (2011). « Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, vol. 130, 3, pp. 211-228. doi : 10.1007/s12064-010-0118-4. HAL : hal-00643738.
        •  Hugues Berry & Nazim Fatès (2011). « Robustness of the critical behavior in the stochastic Greenberg-Hastings cellular automaton model ». International Journal of Unconventional Computing, vol. 7, pp. 65-85. HAL : hal-01354457.
      • Revues nationales avec comité de lecture (1)
        •  Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen & Nicolas Schabanel (2011). « Les complexités : point de vue d'un institut des systèmes complexes ». Hermès, La Revue- Cognition, communication, politique, 60, pp. 145-150. HAL : hal-00744520.
    • Conférences (6)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (5)
        •  Andreea Julea, Fernanda Ledo, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Renaud Fallourd, Jean-Marie Nicolas, Gabriel Vasile et al. (2011). « Polsar Radarsat-2 Satellite Image Time Series Mining Over the Chamonix Mont-Blanc Test Site ». IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS 2011), 29 juillet 2011, Vancouver (Canada), pp 1191-1194. HAL : hal-00620881.
        •  Nicolas Méger, Romain Jolivet, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Christophe Rigotti, Felicity Lodge, M. P. Doin, Stéphane Guillaso, Andreea Julea & Philippe Bolon (2011). « Spatio-Temporal Mining of ENVISAT SAR Interferogram Time Series over the Haiyuan Fault in China ». 2011 6th International Workshop on the Analysis of Multi-temporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), 14 juillet 2011, Trento (Italie), 10.1109/Multi-Temp.2011.6005067. doi : 10.1109/Multi-Temp.2011.6005067. HAL : hal-00621236.
        •  Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon & Vasile Lazarescu (2011). « Mining Pixel Evolutions in Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring ». 11th Industrial Conference on Data Mining ICDM 2011, 3 septembre 2011, New-York (États-Unis), pp. 189-203. doi : 10.1007/978-3-642-23184-1_15. HAL : hal-00620882.
        •  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). « Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability. ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
        •  Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). « Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
    • HDR, thèses (1)
      • Thèses (1)
        •  David Parsons (2011). « Sélection indirecte en évolution Darwinienne : Mécanismes et implications ». HAL : tel-00715781. .
    • Autres (2)
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Valérie Morin, Elodie Vallin, Antoine Coulon, Camila Meijia-Pous, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2011). « Chromatin is a major player in regulating gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Stochastic Systems Biology conference, 19 juillet 2011, Ascona (Suisse). HAL : hal-01354566.
      •  François Smekens, Jean-Michel Létang, Nicolas Freud, Bruno Sixou & Guillaume Beslon (2011). « Optimization of proton therapy ballistics using a genetic algorithm ». Particle Therapy Co-Operative Group, PTCOG, 8 mai 2011, Philadelphia (US) (États-Unis). HAL : hal-01354428.
  • 2010 (8)
    • Revues (3)
    • Conférences (5)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (2)
        •  Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, M. -P. Doin, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon & Vasile Lazarescu (2010). « Extraction of Frequent Grouped Sequential Patterns from Satellite Image Time Series ». IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, IGARSS 2010., 30 juillet 2010, Honolulu (États-Unis), p. 4. HAL : hal-00520601.
        •  David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Importance of the rearrangement rates on the organization of transcription. ». Proceedings of Artificial Life XII, 19 août 2010, Odense (Danemark), pp. 479-486. HAL : hal-00697043.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (3)
  • 2009 (4)
    • Revues (1)
      • Revues internationales avec comité de lecture (1)
        •  Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti & Bruno Crémilleux (2009). « Fouille de données séquentielles pour l'extraction d'information dans les textes ». Traitement Automatique des Langues, pp. 59-87. HAL : hal-01011618. .
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
    • Autres (1)
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2009). « Relationship between chromosomal features and gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Integrative Post-Genomics, 18 novembre 2009, Lyon (France). HAL : hal-01437813.
  • 2008 (11)
    • Revues (2)
      • Revues nationales avec comité de lecture (2)
    • Conférences (8)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (8)
        •  Antoine Coulon (2008). « Stochasticité de l'expression génique et dynamique des complexes de régulation ». Seminar of the Symbiose project, Rennes (France). HAL : hal-01585198.
        •  Guillaume Beslon (2008). « Evolution of genome structure : a computational approach ». Workshop “Evolutionary Dynamics”, Utrecht (Pays-Bas). HAL : hal-01615228.
        •  Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa & Jose Maria Pena (2008). « Modeling evolution of genetic regulation in artificial bacteria ». European Conference on Complex Systems, 19 septembre 2008, Jérusalem (Israël), p. 4. HAL : hal-01614302.
        •  Antoine Coulon (2008). « Dynamique de la régulation transcriptionnelle et stochasticité de l'expression génique ». Séminaires de l'institut du thorax, Nantes (France). HAL : hal-01585257.
        •  Antoine Coulon (2008). « Stochasticité de l'expression génique et dynamique des complexes de régulation ». Biomaths seminar, Lyon (France). HAL : hal-01585208.
        •  Antoine Coulon (2008). « Mécanismes moléculaires de la stochasticité de l'expression des gènes ». Le hasard au coeur de la cellule, 22 janvier 2008, Paris (France). HAL : hal-01585195.
        •  Guillaume Beslon, Sara Franceschelli & Carole Knibbe (2008). « Petits bricolages en évolution ». "Génies de la Bricole et du Bricolage", colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, 28 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614309.
        •  Virginie Lefort & Guillaume Beslon (2008). « Optimisation incrémentale de réseaux de neurones RBF pour la régression via un algorithme évolutionnaire : RBF-Gene ». Actes 8° Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances EGC'08, 1 février 2008, Sophia-Antipolis (France), pp. 331-336. HAL : hal-01614293.
    • Autres (1)
      •  Hédi Soula & Guillaume Beslon (2008). « Modeling membrane micro-domain formation through inhomogeneous diffusion ». Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614515.
  • 2007 (9)
    • Revues (1)
      • Revues nationales avec comité de lecture (1)
        •  Antoine Coulon, Hédi Soula, Olivier Mazet, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2007). « Modélisation cellulaire pour l'émergence de structures multiprotéiques auto-organisées ». Technique et Science Informatiques, vol. 26, pp. 123-148. doi : 10.3166/tsi.26.123-148. HAL : hal-01613745.
    • Conférences (7)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (2)
        •  Gaël Kaneko, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2007). « Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics ». Integrative Post-Genomics, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01596355.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « Generating Data form the Evolution of Artificial Regulatory Networks ». Workshop Data Mining in Functional Genomics and Proteomics. Current Trends and Future Directions co-located with ECML/PKDD 07, 21 septembre 2007, Varsovie (Pologne), pp. 91-103. HAL : hal-01613779.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (5)
        •  Guillaume Beslon (2007). « Evolution de Second Ordre : le hasard sélectionné. ». Spring school on interdisciplinarity in biology "Hasard et Fluctuations en Biologie", Berder (France). HAL : hal-01615166.
        •  Guillaume Beslon (2007). « Digital Genetics: Modéliser la dynamique évolutive des génomes ». Journées communes des clusters environnement et informatique à l'INRIA Montbonnot, Grenoble (France). HAL : hal-01615201.
        •  Antoine Coulon (2007). « Vers des modèles multi-agents à l'échelle moléculaire ». Session publique de l'Atelier Épigénèse, Programme d'épigenomique, Evry (France). HAL : hal-01585098.
        •  Guillaume Beslon (2007). « Systems Biology, where is the network ? ». Santa-Fe Institute, Santa-Fe (États-Unis). HAL : hal-01615180.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « RAevol, un modèle de génétique digitale des réseaux de régulation ». Réseaux d'Interactions : Analyse, Modélisation, Simulation, RIAMS 2007, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01613852.
    • Autres (1)
      •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2007). « Binding cooperation and competition among transcription factors can cause complex stochastic properties in gene expression ». Integrative Post-Genomics, IPG'07, 29 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01613869.
  • 2006 (3)
    • Revues (1)
      • Revues internationales avec comité de lecture (1)
        •  Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Stephen Christensen, A. James, François Képès, Virginie Lefort, F. Julian, Miroslav Radman & Jeremy J. Ramsden (2006). « Guidelines: From artificial evolution to computational evolution: a research agenda ». Nature Reviews Genetics, vol. 7, 9, pp. 729-735. HAL : hal-00793902.
    • Conférences (2)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (2)
        •  Guillaume Beslon (2006). « Evolution et Robustesse : un équilibre complexe aux conséquences inattendues. ». Journées de Gerland "Systèmes complexes et biologie", 12 décembre 2006, Lyon (France). HAL : hal-01615165.
        •  Guillaume Beslon (2006). « Multi-Agent Modeling of Nuclear Structures. ». Spring workshop on biological systems modeling, Bombannes (France). HAL : hal-01615151.