Carole Knibbe


Ancien membre LIRIS depuis le : 2017-08-31

Qualité
Maître de conférences
Etablissement de rattachement
Université Claude Bernard Lyon 1
Page persohttp://caroleknibbe.fr

Publications

Publications LIRIS pour Carole Knibbe (38)

  • 2018 (1)
    • Autres (1)
      •  Joel Lehman, Jeff Clune, Dusan Misevic, Christoph Adami, Julie Beaulieu, Peter J. Bentley, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, David M. Bryson et al. (2018). « The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities ». ArXiv : 1803.03453. HAL : hal-01735473.
  • 2017 (3)
    • Revues (1)
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2017). « Environmental seasonality drives digital populations towards stable cross-feeding ». European Conference on Artificial Life (ECAL), 8 septembre 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569093. .
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2017). « Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools ». ALPHY (ALignments and PHYlogeny), 2 février 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569078. .
  • 2016 (5)
    • Revues (1)
      • Revues internationales avec comité de lecture (1)
        •  Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe & Eric Tannier (2016). « Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation ». Genome Biology and Evolution, vol. 8, 5, pp. 1427-1439. doi : 10.1093/gbe/evw083. HAL : hal-01334923. .
    • Conférences (3)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (2)
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375677. .
        •  Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). « Comparative Genomics on Artificial Life ». Computability in Europe, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics ». Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 juin 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657. .
    • Autres (1)
  • 2015 (1)
    • Conférences (1)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
  • 2014 (6)
  • 2013 (3)
    • Revues (1)
    • Conférences (1)
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  Carole Knibbe (2013). « L'évolution expérimentale in silico ». Modéliser et simuler - Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation - Tome 1, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, pp. 581-610. HAL : hal-00850175.
  • 2012 (3)
    • Revues (1)
      • Revues internationales avec comité de lecture (1)
        •  Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2012). « New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution ». Nature Reviews Microbiology, vol. 10, pp. 352-365. HAL : hal-00696231.
    • Conférences (1)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
    • Autres (1)
      •  Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). « Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution ». SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 juin 2012, Dublin (Irlande). HAL : hal-00762597.
  • 2011 (2)
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (2)
        •  Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). « Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
        •  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). « Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability. ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
  • 2010 (5)
  • 2009 (2)
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
  • 2008 (2)
    • Revues (1)
      • Revues nationales avec comité de lecture (1)
    • Conférences (1)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  Guillaume Beslon, Sara Franceschelli & Carole Knibbe (2008). « Petits bricolages en évolution ». "Génies de la Bricole et du Bricolage", colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, 28 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614309.
  • 2007 (3)
    • Revues (2)
      • Revues nationales avec comité de lecture (2)
        •  C. Knibbe, A. Coulon, O. Mazet, J. M. Fayard & G. Beslon (2007). « A long-term evolutionary pressure on the amount of noncoding DNA ». Molecular Biology and Evolution, vol. 24, 10, pp. 2344-2353. HAL : hal-00391447.
        •  C. Knibbe, O. Mazet, F. Chaudier, J. M. Fayard & G. Beslon (2007). « Evolutionary coupling between the deleteriousness of gene mutations and the amount of non-coding sequences ». Journal of Theoretical Biology, vol. 244, 4, pp. 621-630. HAL : hal-00391449.
    • Conférences (1)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
        •  Gaël Kaneko, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2007). « Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics ». Integrative Post-Genomics, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01596355.
  • 2005 (2)
    • Conférences (1)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  G. Beslon & C. Knibbe (2005). « Modelling evolution of prokaryotic genomes: an integrative approach ». FEBS Advanced Lecture Course, System Biology: From Molecules and Modeling to Cells, 3-INV (conférences invitées), Gosau (Autriche), 2005 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391254.
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  C. Knibbe, G. Beslon, F. Chaudier & J. M. Fayard (2005). « Designing artificial organisms to study the influence of gene pleitropy on genome evolution ». Proceedings of the System Biology Workshop at the 8th European Conference on Artificial Life (ECAL 2005), XXX, pp. 1-1. HAL : hal-00391534.