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Guillaume Beslon


Professeur des universités

Équipe(s) Beagle
Employeur 
Institut National des Sciences Appliquées de Lyon
Implantation 
CEI (INRIA)
Courriel guillaume.beslon at liris.cnrs.fr
Téléphone professionnel
04.72.43.74.94
Page perso
http://liris.cnrs.fr/~gbeslon/

Publications (IdHAL : gbeslon)

Publications LIRIS pour Guillaume Beslon (151)

  • 2024 (4)
    • Revues (2)
      • Revues internationales avec comité de lecture (2)
        •  Reza Kalhor, Guillaume Beslon, Manuel Lafond & Celine Scornavacca (2024). « A Rigorous Framework to Classify the Post-Duplication Fate of Paralogous Genes (extended version) ». Journal of Computational Biology. HAL : hal-04608855. .
        •  Paul Banse, Santiago Elena & Guillaume Beslon (2024). « Innovation in viruses: fitness valley crossing, neutral landscapes, or just duplications? ». Virus Evolution. doi : 10.1093/ve/veae078. HAL : hal-04801559. .
    • Conférences (1)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
    • Autres (1)
  • 2023 (3)
  • 2022 (7)
  • 2021 (5)
  • 2020 (4)
  • 2019 (4)
  • 2018 (6)
  • 2017 (8)
    • Revues (3)
    • Conférences (4)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (3)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
    • Autres (1)
      •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago F Elena (2017). « Testing evolution predictability using the aevol software ». 16th international meeting of the European Society of Evolutionary Biology (ESEB 2017), 25 août 2017, Groningen (Pays-Bas). Poster. HAL : hal-01577115. .
  • 2016 (25)
    • Revues (2)
      • Revues internationales avec comité de lecture (2)
        •  Wolfgang Banzhaf, Bert Baumgaertner, Guillaume Beslon, René Doursat, James A Foster, Barry Mcmullin, Vinicius Veloso De Melo, Thomas Miconi, Lee Spector et al. (2016). « Defining and simulating open-ended novelty: requirements, guidelines, and challenges. ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences. doi : 10.1007/s12064-016-0229-7. HAL : hal-01323108.
        •  Tim Taylor, Mark Bedau, Alastair Channon, David Ackley, Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Emily Dolson, Tom Froese, Simon Hickinbotham et al. (2016). « Open-Ended Evolution: Perspectives from the OEE Workshop in York ». Artificial Life, vol. 22, n°3, pp. 408-423. doi : 10.1162/ARTL_a_00210. HAL : hal-01371116. .
    • Conférences (8)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (7)
        •  Susan Stepney & Guillaume Beslon (2016). « Open-Endedness: Definitions and Shortcuts ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375671. .
        •  Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2016). « A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments ». Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, 19 juin 2016, Huddersfield (Royaume-Uni), pp. 1-8. HAL : hal-01368034.
        •  Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). « Comparative Genomics on Artificial Life ». Computability in Europe, 27 juin 2016, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375677. .
        •  Jacob Rutten, Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). « Evolution of mutator populations in constant environments ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375669. .
        •  Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution suggests a complex intertwining of selection, robustness and drift in the evolution of genetic networks complexity ». Artificial Life, 8 juillet 2016, Cancun (Mexique). HAL : hal-01375645. .
        •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago Elena (2016). « Evolvability drives innovation in viral genomes ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (France). HAL : hal-01375665. .
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics ». Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 juin 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657. .
    • Rapports (14)
    • Autres (1)
  • 2015 (11)
  • 2014 (10)
  • 2013 (6)
    • Revues (3)
      • Revues internationales avec comité de lecture (3)
        •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Elodie Vallin, Valérie Morin, Camila Mejia-Pous, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2013). « Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts. ». BMC Biology, vol. 11, n°1, p. 15. doi : 10.1186/1741-7007-11-15. HAL : inserm-00817963. .
        •  Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2013). « In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios ». BMC Bioinformatics, vol. 14, Suppl 15, S11. HAL : hal-00873232. .
        •  Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon & Hugues Berry (2013). « Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium ». Biophysical Journal, vol. 105, n°9, pp. 2064-2073. doi : 10.1016/j.bpj.2013.07.023. ArXiv : 1207.5725. HAL : hal-00720515. .
    • Conférences (2)
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  Hugues Berry & Guillaume Beslon (2013). « De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs ». Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, Paris. HAL : hal-00815550.
  • 2012 (7)
    • Revues (5)
      • Revues internationales avec comité de lecture (5)
        •  Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2012). « New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution ». Nature Reviews Microbiology, vol. 10, n°5, pp. 352-365. doi : 10.1038/nrmicro2750. HAL : hal-00696231.
        •  Olivier Gandrillon, Delphine Kolesnik-Antoine, Jean-Jacques Kupiec & Guillaume Beslon (2012). « Chance at the heart of the cell ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, vol. 110, n°1, pp. 1-4. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.05.006. HAL : hal-00720052.
        •  Sebastian Grauwin, Guillaume Beslon, Eric Fleury, Sara Franceschelli, Céline Robardet, Jean-Baptiste Rouquier & Pablo Jensen (2012). « Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity ». Journal of the American Society for Information Science and Technology, vol. 63, n°7, 10.1002/asi.22644. doi : 10.1002/asi.22644. ArXiv : 1206.2216. HAL : hal-00706567. .
        •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2012). « Towards experimental manipulation of stochasticity in gene expression. ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, vol. 100, n°1, epub ahead of print. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.04.010. HAL : hal-00720054.
        •  Hédi Soula, Antoine Coulon & Guillaume Beslon (2012). « Membrane microdomains emergence through non-homogeneous diffusion. ». BMC Biophysics, vol. 5, n°1, p. 6. doi : 10.1186/2046-1682-5-6. HAL : inserm-00768564. .
    • Conférences (1)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
    • Autres (1)
      •  Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). « Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution ». SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 juin 2012, Dublin (Irlande). Poster. HAL : hal-00762597.
  • 2011 (7)
    • Revues (3)
      • Revues internationales avec comité de lecture (2)
        •  Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin et al. (2011). « Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, vol. 130, n°3, pp. 211-228. doi : 10.1007/s12064-010-0118-4. HAL : hal-00643738.
        •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Hédi Soula (2011). « Enhanced Stimulus Encoding Capabilities with Spectral Selectivity in Inhibitory Circuits by STDP ». Neural Computation, vol. 23, n°4, pp. 882-908. HAL : inria-00593704.
      • Revues nationales avec comité de lecture (1)
        •  Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen & Nicolas Schabanel (2011). « Les complexités : point de vue d'un institut des systèmes complexes ». Hermès, La Revue - Cognition, communication, politique, vol. 2, n°60, pp. 145-150. doi : 10.4267/2042/45459. HAL : hal-00744520.
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (2)
        •  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). « Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability. ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
        •  Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). « Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
    • Autres (2)
      •  François Smekens, Jean-Michel Létang, Nicolas Freud, Bruno Sixou & Guillaume Beslon (2011). « Optimization of proton therapy ballistics using a genetic algorithm ». Particle Therapy Co-Operative Group, PTCOG, 8 mai 2011, Philadelphia (US) (États-Unis). Poster. HAL : hal-01354428.
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Valérie Morin, Elodie Vallin, Antoine Coulon, Camila Meijia-Pous, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2011). « Chromatin is a major player in regulating gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Stochastic Systems Biology conference, 19 juillet 2011, Ascona (Suisse). Poster. HAL : hal-01354566.
  • 2010 (8)
  • 2009 (4)
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon, François Chatelain, Alexandra Fuchs, Olivier Gandrillon, M Gineste, Jean-Jacques Kupiec, Camila Mejia-Perez & Andras Paldi (2009). « Mécanismes moléculaires et fonction biologique de la variabilité de l'expression génique à l'échelle de la cellule unique : une approche systémique ». Le Hasard au coeur de la cellule, Syllepse edition, pp. 82-111. doi : 10.3917/edmat.kupie.2011.01.0082. HAL : hal-01499539.
    • Autres (1)
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2009). « Relationship between chromosomal features and gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Integrative Post-Genomics, 18 novembre 2009, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01437813.
  • 2008 (14)
    • Revues (4)
      • Revues internationales avec comité de lecture (2)
        •  Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoï Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu et al. (2008). « From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems ». Theoretical Biology Insights, vol. 1, pp. 13-22. HAL : inria-00331281.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2008). « Modelling Evolution of Regulatory Networks in Artificial Bacteria ». Mathematical Modelling of Natural Phenomena, vol. 3, pp. 27-66. doi : 10.1051/mmnp:2008054. HAL : hal-01500393. .
      • Revues nationales avec comité de lecture (2)
    • Conférences (7)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
        •  Guillaume Beslon, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Carole Knibbe, Stéphane Génieys & Marie-France Sagot (2008). « Evolution des organismes bactériens ». Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Villeurbanne (France), 12 diapos. HAL : hal-02822501.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (6)
        •  Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto et al. (2008). « From bioputing to bactoputing: computing with bacteria ». Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 11 avril 2008, Paris (France), pp. 123-150. HAL : hal-00340470. .
        •  H. Charles, G. Beslon, Federica Calevro, Jean-François Boulicaut, J. M. Fayard, G. Febvay, Christian Gautier, Yvan Rahbé & M. F. Sagot (2008). « Les réseaux métaboliques et génétiques ». Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", id HAL hal-00391271
          5-COM (communications sans actes)          , Villeurbanne (France), juillet 2008 (France), pp. 1-1          . HAL : hal-00391271.
        •  Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa & Jose Maria Pena (2008). « Modeling evolution of genetic regulation in artificial bacteria ». European Conference on Complex Systems, 19 septembre 2008, Jérusalem (Israël), p. 4. HAL : hal-01614302.
        •  Virginie Lefort & Guillaume Beslon (2008). « Optimisation incrémentale de réseaux de neurones RBF pour la régression via un algorithme évolutionnaire : RBF-Gene ». Actes 8° Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances EGC'08, 1 février 2008, Sophia-Antipolis (France), pp. 331-336. HAL : hal-01614293.
        •  Guillaume Beslon, Sara Franceschelli & Carole Knibbe (2008). « Petits bricolages en évolution ». "Génies de la Bricole et du Bricolage", colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, 28 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614309.
        •  Guillaume Beslon (2008). « Evolution of genome structure : a computational approach ». Workshop “Evolutionary Dynamics”, Utrecht (Pays-Bas). HAL : hal-01615228.
    • HDR, thèses (1)
    • Autres (2)
      •  Antoine Coulon, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2008). « Gene expression and the dynamics of transcriptional regulation : a model for theoretical and experimental investigations ». Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01614314.
      •  Hédi Soula & Guillaume Beslon (2008). « Modeling membrane micro-domain formation through inhomogeneous diffusion ». Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01614515.
  • 2007 (12)
    • Revues (3)
      • Revues internationales avec comité de lecture (1)
      • Revues nationales avec comité de lecture (2)
        •  Antoine Coulon, Hédi Soula, Olivier Mazet, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2007). « Modélisation cellulaire pour l'émergence de structures multiprotéiques auto-organisées ». Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, vol. 26, pp. 123-148. doi : 10.3166/tsi.26.123-148. HAL : hal-01613745.
        •  C. Knibbe, O. Mazet, F. Chaudier, J. M. Fayard & G. Beslon (2007). « Evolutionary coupling between the deleteriousness of gene mutations and the amount of non-coding sequences ». Journal of Theoretical Biology, vol. 244, n°4, pp. 621-630. HAL : hal-00391449.
    • Conférences (8)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (4)
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « Generating Data form the Evolution of Artificial Regulatory Networks ». Workshop Data Mining in Functional Genomics and Proteomics. Current Trends and Future Directions co-located with ECML/PKDD 07, 21 septembre 2007, Varsovie (Pologne), pp. 91-103. HAL : hal-01613779.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Guillaume Beslon & Jose Maria Pena (2007). « Modeling evolution of Regulatory Networks in Artificial Organisms ». 3rd International Symposium on Computational Life Science CompLife'07, 4 octobre 2007, Utrecht (Pays-Bas), pp. 87-98. doi : 10.1063/1.2793407. HAL : hal-01613768.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Loïc Cerf, Jose Maria Pena, Jean-François Boulicaut & Guillaume Beslon (2007). « Artificial Regulatory Networks Evolution ». Proc 1st Int Workshop on Machine Learning for Systems Biology MLSB 07, 25 septembre 2007, Evry (France), pp. 47-52. HAL : hal-01502737. .
        •  Gaël Kaneko, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2007). « Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics ». Integrative Post-Genomics, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01596355.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (4)
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « RAevol, un modèle de génétique digitale des réseaux de régulation ». Réseaux d'Interactions : Analyse, Modélisation, Simulation, RIAMS 2007, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01613852.
        •  Guillaume Beslon (2007). « Digital Genetics: Modéliser la dynamique évolutive des génomes ». Journées communes des clusters environnement et informatique à l'INRIA Montbonnot, Grenoble (France). HAL : hal-01615201.
        •  Guillaume Beslon (2007). « Systems Biology, where is the network ? ». Santa-Fe Institute, Santa-Fe (États-Unis). HAL : hal-01615180.
        •  Guillaume Beslon (2007). « Evolution de Second Ordre : le hasard sélectionné. ». Spring school on interdisciplinarity in biology "Hasard et Fluctuations en Biologie", Berder (France). HAL : hal-01615166.
    • Autres (1)
      •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2007). « Binding cooperation and competition among transcription factors can cause complex stochastic properties in gene expression ». Integrative Post-Genomics, IPG'07, 29 novembre 2007, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01613869.
  • 2006 (4)
    • Revues (1)
      • Revues internationales avec comité de lecture (1)
        •  Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Stephen Christensen, A. James, François Képès, Virginie Lefort, F. Julian, Miroslav Radman & Jeremy J. Ramsden (2006). « Guidelines: From artificial evolution to computational evolution: a research agenda ». Nature Reviews Genetics, vol. 7, n°9, pp. 729-735. doi : 10.1038/nrg1921. HAL : hal-00793902.
    • Conférences (3)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (3)
        •  Guillaume Beslon (2006). « Evolution et Robustesse : un équilibre complexe aux conséquences inattendues. ». Journées de Gerland "Systèmes complexes et biologie", 12 décembre 2006, Lyon (France). HAL : hal-01615165.
        •  Guillaume Beslon (2006). « Multi-Agent Modeling of Nuclear Structures. ». Spring workshop on biological systems modeling, Bombannes (France). HAL : hal-01615151.
        •  C. Knibbe, A. Coulon, O. Mazet, J. M. Fayard & G. Beslon (2006). « Amount of non-coding sequences depends on mutation rate ». 10th Evolutionary Biology Meeting, 5-COM (communications sans actes)
          5-COM (communications sans actes)          , Marseille (France), 2006 (France), pp. 1-1          . HAL : hal-00391446.
  • 2005 (2)
    • Conférences (1)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  G. Beslon & C. Knibbe (2005). « Modelling evolution of prokaryotic genomes: an integrative approach ». FEBS Advanced Lecture Course, System Biology: From Molecules and Modeling to Cells, 3-INV (conférences invitées)
          3-INV (conférences invitées)          , Gosau (Autriche), 2005 (France), pp. 1-1          . HAL : hal-00391254.
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  C. Knibbe, G. Beslon, F. Chaudier & J. M. Fayard (2005). « Designing artificial organisms to study the influence of gene pleitropy on genome evolution ». Proceedings of the System Biology Workshop at the 8th European Conference on Artificial Life (ECAL 2005), XXX, pp. 1-1. HAL : hal-00391534.