Guillaume Beslon
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Professeur des universités
Équipe(s) | Beagle |
Employeur | Institut National des Sciences Appliquées de Lyon |
Implantation | CEI (INRIA) |
Courriel | guillaume.beslon at liris.cnrs.fr |
Téléphone professionnel | |
Page perso |
Publications (IdHAL : gbeslon)
Publications LIRIS pour Guillaume Beslon (142)
- 2027 (1)
- Conférences (1)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- Hugo Daudey, David Parsons, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau, Vincent Liard, Romain Gallé, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2027). « Aevol 4b: Bridging the gap between artificial life and bioinformatics ». International Conference for Artificial Life (ALIFE ISAL 2024), - 26 juillet 2027, Copenhague (Danemark), pp. 41-49. HAL : hal-04667220.
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- 2024 (1)
- Autres (1)
- Théotime Grohens, Sam Meyer & Guillaume Beslon (2024). « Emergence of Supercoiling-Mediated Regulatory Networks through Bacterial Chromosome Organization ». doi : 10.1101/2022.09.23.509185. HAL : hal-04398893.
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- 2023 (3)
- Revues (1)
- Revues internationales avec comité de lecture (1)
- Paul Banse, Juliette Luiselli, David Parsons, Théotime Grohens, Marco Foley, Leonardo Trujillo, Jonathan Rouzaud‐Cornabas, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2023). « Forward‐in‐time simulation of chromosomal rearrangements: The invisible backbone that sustains long‐term adaptation ». Molecular Ecology. doi : 10.1111/mec.17234. HAL : hal-04350147.
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- Conférences (1)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- Reza Kalhor, Guillaume Beslon, Manuel Lafond & Celine Scornavacca (2023). « Classifying the Post-duplication Fate of Paralogous Genes ». RECOMB-CG 2023 - 20th conference on Comparative Genomics, 15 avril 2023, Istanbul (Turquie), pp. 1-18. doi : 10.1007/978-3-031-36911-7_1. HAL : hal-04239853.
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- Autres (1)
- Marco Foley, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Eric Tannier & Guillaume Beslon (2023). « Towards alife-generated benchmarks for phylogeny ». ALignements and PHYlogénie (Alphy), 25 janvier 2023, Grenoble (France). Poster. HAL : hal-04398854.
- 2022 (7)
- Revues (3)
- Revues internationales avec comité de lecture (3)
- Leonardo Trujillo, Paul Banse & Guillaume Beslon (2022). « Getting higher on rugged landscapes: Inversion mutations open access to fitter adaptive peaks in NK fitness landscapes ». PLoS Computational Biology, vol. 18, n°10, e1010647. doi : 10.1371/journal.pcbi.1010647. ArXiv : arXiv:2210.06804. HAL : hal-03866346.
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- Théotime Grohens, Sam Meyer & Guillaume Beslon (2022). « A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling ». Artificial Life. doi : 10.1162/artl_a_00373. HAL : hal-03912118.
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- Miguel A. Fortuna, Guillaume Beslon & Charles Ofria (2022). « Digital evolution: Insights for biologists ». Frontiers in Ecology and Evolution. doi : 10.3389/fevo.2022.1037040. HAL : hal-03912093.
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- Autres (4)
- François Smekens, Nicolas Freud, Bruno Sixou, Guillaume Beslon & Jean Michel Létang (2022). « Towards the optimization of ballistics in proton therapy using genetic algorithms: implementation issues ». ArXiv : 2205.08283. HAL : hal-03702837.
- Théotime Grohens, Sam Meyer & Guillaume Beslon (2022). « A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling: extended version ». HAL : hal-03667822.
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- François Smekens, Nicolas Freud, Bruno Sixou, Guillaume Beslon & Jean Michel Létang (2022). « Variable length genetic algorithm with continuous parameters optimization of beam layout in proton therapy ». ArXiv : 2205.08398. HAL : hal-03702842.
- Leonardo Trujillo, Paul Banse & Guillaume Beslon (2022). « Inversion mutations attenuate complexity catastrophe in NK fitness landscapes ». HAL : hal-04096866.
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- 2021 (5)
- Conférences (3)
- Conférences internationales avec comité de lecture (3)
- Théotime Grohens, Sam Meyer & Guillaume Beslon (2021). « A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling ». ALIFE 2021 - Conference on Artificial Life, 23 juillet 2021, Prague (République Tchèque). HAL : hal-03242696.
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- Leonardo Trujillo, Paul Banse & Guillaume Beslon (2021). « Simulating short-and long-term evolutionary dynamics on rugged landscapes ». ALIFE 2021 - Conference on Artificial Life, 23 juillet 2021, Prague (République Tchèque), pp. 1-9. ArXiv : 2105.05520. HAL : hal-03426019.
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- Guillaume Beslon, Vincent Liard & Jonathan Rouzaud-Cornabas (2021). « The Complexity Ratchet ». CCS 2021 - International Conference on Complex Systems, 29 octobre 2021, Lyon (France). HAL : hal-03511442.
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- Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
- Guillaume Beslon, Vincent Liard, David P. Parsons & Jonathan Rouzaud-Cornabas (2021). « Of Evolution, Systems and Complexity ». Evolutionary Systems Biology II. doi : 10.1007/978-3-030-71737-7_1. HAL : hal-03136122.
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- Autres (1)
- Leonardo Trujillo, Paul Banse & Guillaume Beslon (2021). « Evolutionary escape from local fitness peaks through inversion mutations ». CCS 2021 - Conference on Complex Systems. HAL : hal-03426022.
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- 2020 (4)
- Revues (4)
- Revues internationales avec comité de lecture (4)
- Sergio Peignier, Christophe Rigotti & Guillaume Beslon (2020). « Evolutionary Subspace Clustering Using Variable Genome Length ». Computational Intelligence, vol. 36, n°2, pp. 574-612. doi : 10.1111/coin.12254. HAL : hal-02405598.
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- Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe & Samuel Bernard (2020). « Phenotypic noise and the cost of complexity ». Evolution - International Journal of Organic Evolution. doi : 10.1111/evo.14083. HAL : hal-02920356.
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- Joel Lehman, Jeff Clune, Dusan Misevic, Christoph Adami, Julie Beaulieu, Peter J. Bentley, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, David M. Bryson et al. (2020). « The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities ». Artificial Life, vol. 26, n°2, pp. 274-306. doi : 10.1162/artl_a_00319. ArXiv : 1803.03453. HAL : hal-01735473.
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- Vincent Liard, David Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2020). « The complexity ratchet: Stronger than selection, stronger than evolvability, weaker than robustness ». Artificial Life, vol. 26, n°1, pp. 38-57. doi : 10.1162/artl_a_00312. HAL : hal-03136077.
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- 2019 (4)
- Revues (2)
- Revues internationales avec comité de lecture (2)
- Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dusan Misevic (2019). « Introduction to the ECAL 2017 Special Issue ». Artificial Life, vol. 25, n°4, pp. 313-314. doi : 10.1162/artl_a_00298. HAL : hal-02428658.
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- Jacob Rutten, Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2019). « Adapting the engine to the fuel: mutator populations can reduce the mutational load by reorganizing their genome structure ». BMC Evolutionary Biology, vol. 19, n°1, pp. 1-17. doi : 10.1186/s12862-019-1507-z. HAL : hal-02350040.
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- Conférences (1)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- Quentin Carde, Marco Foley, Carole Knibbe, David Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2019). « How to reduce a genome? ALife as a tool to teach the scientific method to school pupils ». ALIFE 2019 - Conference on Artificial Life, 2 août 2019, Newcastle (Royaume-Uni), pp. 497-504. doi : 10.1162/isal_a_00211. HAL : hal-02285718.
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- Autres (1)
- Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe & Samuel Bernard (2019). « Phenotypic Noise and the Cost of Complexity ». EvoLyon 2019, 26 novembre 2019, Lyon (France). Poster. HAL : hal-02402443.
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- 2018 (6)
- Conférences (3)
- Conférences internationales avec comité de lecture (3)
- Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Anthony Rossi & Guillaume Beslon (2018). « Weight-based search to find clusters around medians in subspaces ». SAC 2018 - ACM Symposium On Applied Computing, 13 avril 2018, Pau (France), pp. 1-10. HAL : hal-01869974.
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- Guillaume Beslon, Santiago Elena, Paulien Hogeweg, Dominique Schneider & Susan Stepney (2018). « Evolving Living Technologies-Insights from the EvoEvo project ». SSBSE 2018 - 10th Symposium on Search-Based Software Engineering, 9 septembre 2018, Montpellier (France), pp. 46-62. doi : 10.1007/978-3-319-99241-9_2. HAL : hal-01882636.
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- Vincent Liard, David Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2018). « The Complexity Ratchet: Stronger than selection, weaker than robustness ». ALIFE 2018 - the 2018 conference on artificial Life, 27 juillet 2018, Tokyo (Japon), pp. 1-8. doi : 10.1162/isal_a_00051. HAL : hal-01882628.
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- Autres (3)
- Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago Elena (2018). « Jump then Climb: can rearrangements predict the occurrence of mutational bursts? ». Evolution 2018 - Congress on Evolutionary Biology, 22 août 2018, Montpellier (France). Poster. HAL : hal-01938800.
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- Vincent Liard, Jonathan Rouzaud-Cornabas, David Parsons & Guillaume Beslon (2018). « The complexity ratchet: stronger than selection ». Beacon congress 2018, 11 août 2018, east-lansing (États-Unis). Poster. HAL : hal-01938802.
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- Guillaume Beslon, Vincent Liard, David P. Parsons & Jonathan Rouzaud-Cornabas (2018). « In silico experimental evolution shows that complexity can rise even in simple environments ». ICSB 2018 - 19th International Conference on Systems Biology, 1 novembre 2018, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01939365.
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- 2017 (8)
- Revues (3)
- Revues internationales avec comité de lecture (3)
- Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2017). « Isee-resistance : using in silico experimental evolution to sensitize providers on antibiotic resistance ». Antimicrobial Resistance and Infection Control, vol. 6Suppl 3, n°52, p. 2. HAL : hal-01569262.
- Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2017). « Evolving Instrument Based on Symbiont-Host Metaphor: a Commensal Computation ». Journal of Creative Music Systems, vol. 2, n°1, pp. 1-10. doi : 10.5920/JCMS.2017.11. HAL : hal-01596573.
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- Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2017). « Beware batch culture: Seasonality and niche construction predicted to favor bacterial adaptive diversification ». PLoS Computational Biology, vol. 13, n°3, e1005459 (32 pages. doi : 10.1371/journal.pcbi.1005459.s006. HAL : hal-01508751.
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- Conférences (4)
- Conférences internationales avec comité de lecture (3)
- Vincent Liard, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Nicolas Comte & Guillaume Beslon (2017). « A 4-base model for the Aevol in-silico experimental evolution platform ». European Conference on Artificial Life, 8 septembre 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569097.
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- Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2017). « Environmental seasonality drives digital populations towards stable cross-feeding ». European Conference on Artificial Life (ECAL), 8 septembre 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569093.
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- Sergio Peignier, Jonas Abernot, Christophe Rigotti & Guillaume Beslon (2017). « EvoMove: Evolutionary-based living musical companion ». European Conference on Artificial Life (ECAL), 8 septembre 2017, Villeurbanne (France), pp. 1-8. HAL : hal-01569091.
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- Conférences nationales avec comité de lecture (1)
- Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2017). « Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools ». ALPHY (ALignments and PHYlogeny), 2 février 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569078.
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- Autres (1)
- Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago F Elena (2017). « Testing evolution predictability using the aevol software ». 16th international meeting of the European Society of Evolutionary Biology (ESEB 2017), 25 août 2017, Groningen (Pays-Bas). Poster. HAL : hal-01577115.
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- 2016 (25)
- Revues (2)
- Revues internationales avec comité de lecture (2)
- Tim Taylor, Mark Bedau, Alastair Channon, David Ackley, Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Emily Dolson, Tom Froese, Simon Hickinbotham et al. (2016). « Open-Ended Evolution: Perspectives from the OEE Workshop in York ». Artificial Life, vol. 22, n°3, pp. 408-423. doi : 10.1162/ARTL_a_00210. HAL : hal-01371116.
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- Wolfgang Banzhaf, Bert Baumgaertner, Guillaume Beslon, René Doursat, James A Foster, Barry Mcmullin, Vinicius Veloso De Melo, Thomas Miconi, Lee Spector et al. (2016). « Defining and simulating open-ended novelty: requirements, guidelines, and challenges. ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences. doi : 10.1007/s12064-016-0229-7. HAL : hal-01323108.
- Conférences (8)
- Conférences internationales avec comité de lecture (7)
- Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375677.
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- Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution suggests a complex intertwining of selection, robustness and drift in the evolution of genetic networks complexity ». Artificial Life, 8 juillet 2016, Cancun (Mexique). HAL : hal-01375645.
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- Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2016). « A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments ». Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, 19 juin 2016, Huddersfield (Royaume-Uni), pp. 1-8. HAL : hal-01368034.
- Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). « Comparative Genomics on Artificial Life ». Computability in Europe, 27 juin 2016, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
- Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago Elena (2016). « Evolvability drives innovation in viral genomes ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (France). HAL : hal-01375665.
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- Jacob Rutten, Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). « Evolution of mutator populations in constant environments ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375669.
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- Susan Stepney & Guillaume Beslon (2016). « Open-Endedness: Definitions and Shortcuts ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375671.
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- Conférences nationales avec comité de lecture (1)
- Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics ». Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 juin 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657.
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- Rapports (14)
- Rapports de recherche/technique (14)
- Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon & Susan Stepney (2016). « EvoEvo Deliverable 3.4 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577160.
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- Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). « EvoEvo Deliverable 3.3 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577156.
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- Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). « EvoEvo Deliverable 3.2 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577155.
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- Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). « EvoEvo Deliverable 3.1 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577153.
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- Santiago F. Elena, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet & Dominique Schneider (2016). « EvoEvo Deliverable 1.3 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577127.
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- Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Santiago F. Elena & Otmane Lamrabet (2016). « EvoEvo Deliverable 1.6 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577131.
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- Dominique Schneider, Guillaume Beslon, José-Luis Carrasco, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet & A. Willemsen (2016). « EvoEvo Deliverable 1.5 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577130.
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- Santiago F. Elena, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet & Dominique Schneider (2016). « EvoEvo Deliverable 1.4 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577128.
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- Susan Stepney, Guillaume Beslon & Tim Hoverd (2016). « EvoEvo Deliverable 4.3 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577166.
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- Santiago F. Elena, Dominique Schneider, Guillaume Beslon & Otmane Lamrabet (2016). « EvoEvo Deliverable 1.2 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577126.
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- Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2016). « EvoEvo Deliverable 5.1 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577177.
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- Guillaume Beslon & Paulien Hogeweg (2016). « EvoEvo Deliverable 6.6 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577185.
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- Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2016). « EvoEvo Deliverable 5.2 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577180.
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- Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Santiago F. Elena, Dominique Schneider, Paulien Hogeweg, Susan Stepney & Christophe Rigotti (2016). « EvoEvo Deliverable 6.8 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577187.
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- Autres (1)
- Bérénice Batut, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « Unexpected genome inflation and streamlining in variable environments ». Journées ouvertes de Biologie Informatique & Mathématiques 2016, 30 juin 2016, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01375653.
- 2015 (11)
- Revues (1)
- Revues internationales avec comité de lecture (1)
- Ophélie Arnaud, Sam Meyer, Elodie Vallin, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2015). « Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells ». BMC Molecular Biology. doi : 10.1186/s12867-015-0048-2. HAL : hal-01248384.
- Conférences (4)
- Conférences internationales avec comité de lecture (4)
- Sergio Peignier, Christophe Rigotti & Guillaume Beslon (2015). « Subspace Clustering for all Seasons ». EvoEvo Workshop (satellite workshop of ECAL 2015), 24 juillet 2015, york (Royaume-Uni), pp. 1-3. HAL : hal-01252793.
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- Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2015). « Epigenetic inheritance speeds up evolution of artificial organisms ». European Conference on Artificial Life, York (Royaume-Uni). doi : 10.7551/978-0-262-33027-5-ch078. HAL : hal-01248383.
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- Charles Rocabert, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2015). « Towards a Integrated Evolutionary Model to Study Evolution of Evolution ». EvoEvo Workshop (Satellite workshop of ECAL 2015), 24 juillet 2015, York (Royaume-Uni). HAL : hal-01252796.
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- Sergio Peignier, Christophe Rigotti & Guillaume Beslon (2015). « Subspace Clustering Using Evolvable Genome Structure ». Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO), 11 juillet 2015, Madrid (Espagne), pp. 575-582. HAL : hal-01199136.
- Rapports (6)
- Rapports de recherche/technique (6)
- Guillaume Beslon & Charles Rocabert (2015). « EvoEvo Deliverable 2.7 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577147.
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- Guillaume Beslon & Charles Rocabert (2015). « EvoEvo Deliverable 2.6 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577144.
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- Guillaume Beslon & Charles Rocabert (2015). « EvoEvo Deliverable 2.8 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577149.
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- Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Paulien Hogeweg, Dominique Schneider & Susan Stepney (2015). « EvoEvo Deliverable 6.5 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577184.
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- Guillaume Beslon & Charles Rocabert (2015). « EvoEvo Deliverable 2.4 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577140.
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- Guillaume Beslon & Charles Rocabert (2015). « EvoEvo Deliverable 2.2 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577135.
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- 2014 (10)
- Revues (4)
- Revues internationales avec comité de lecture (4)
- Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon & Hugues Berry (2014). « Comments to the Editor. Reply to the Comment by V.P. Shkilev on "Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium" ». Biophysical Journal, vol. 106, n°11, pp. 2544-2546. doi : 10.1016/j.bpj.2014.03.052. HAL : hal-00956603.
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- Guillaume Corre, Daniel Stockholm, Ophélie Arnaud, Gaël Kaneko, José Viñuelas, Yoshiaki Yamagata, Thi My Anh Neildez-Nguyen, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon et al. (2014). « Stochastic Fluctuations and Distributed Control of Gene Expression Impact Cellular Memory ». PLoS ONE, vol. 9, n°12, e115574. doi : 10.1371/journal.pone.0115574. HAL : hal-01370311.
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- Stephan Fischer, Samuel Bernard, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2014). « A Model for Genome Size Evolution ». Bulletin of Mathematical Biology, vol. 76, n°9, pp. 2249-2291. doi : 10.1007/s11538-014-9997-8. HAL : hal-01090984.
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- Sam Meyer & Guillaume Beslon (2014). « Torsion-Mediated Interaction between Adjacent Genes ». PLoS Computational Biology, vol. 10, n°9, e1003785. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003785. HAL : hal-01090990.
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- Rapports (6)
- Rapports de recherche/technique (6)
- Guillaume Beslon, Santiago F. Elena & Dominique Schneider (2014). « EvoEvo Deliverable 6.2 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577183.
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- Guillaume Beslon (2014). « EvoEvo Deliverable 6.1 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577182.
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- Guillaume Beslon, Paulien Hogeweg, Carole Knibbe, Charles Rocabert & Susan Stepney (2014). « EvoEvo Deliverable 2.3 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577138.
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- Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Santiago F. Elena & Otmane Lamrabet (2014). « EvoEvo Deliverable 1.1 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577124.
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- Guillaume Beslon, Paul Andrews, Carole Knibbe & Charles Rocabert (2014). « EvoEvo Deliverable 2.1 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577134.
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- Guillaume Beslon, Carole Knibbe & Charles Rocabert (2014). « EvoEvo Deliverable 2.5 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577142.
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- 2013 (5)
- Revues (3)
- Revues internationales avec comité de lecture (3)
- Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2013). « In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios ». BMC Bioinformatics, vol. 14, Suppl 15, S11. HAL : hal-00873232.
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- Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon & Hugues Berry (2013). « Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium ». Biophysical Journal, vol. 105, n°9, pp. 2064-2073. doi : 10.1016/j.bpj.2013.07.023. ArXiv : 1207.5725. HAL : hal-00720515.
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- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Elodie Vallin, Valérie Morin, Camila Mejia-Pous, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2013). « Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts. ». BMC Biology, vol. 11, n°1, p. 15. doi : 10.1186/1741-7007-11-15. HAL : inserm-00817963.
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- Conférences (1)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- Guillaume Beslon, Bérénice Batut, David P. Parsons, Dominique Schneider & Carole Knibbe (2013). « An alife game to teach evolution of antibiotic resistance ». ECAL - 12th European Conference on Artificial Life - 2013, 6 septembre 2013, Taormina (Italie), pp. 43-50. HAL : hal-00849345.
- Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
- Hugues Berry & Guillaume Beslon (2013). « De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs ». Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, Paris. HAL : hal-00815550.
- 2012 (7)
- Revues (5)
- Revues internationales avec comité de lecture (5)
- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2012). « Towards experimental manipulation of stochasticity in gene expression. ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, vol. 100, n°1, epub ahead of print. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.04.010. HAL : hal-00720054.
- Hédi Soula, Antoine Coulon & Guillaume Beslon (2012). « Membrane microdomains emergence through non-homogeneous diffusion. ». BMC Biophysics, vol. 5, n°1, p. 6. doi : 10.1186/2046-1682-5-6. HAL : inserm-00768564.
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- Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2012). « New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution ». Nature Reviews Microbiology, vol. 10, n°5, pp. 352-365. doi : 10.1038/nrmicro2750. HAL : hal-00696231.
- Sebastian Grauwin, Guillaume Beslon, Eric Fleury, Sara Franceschelli, Céline Robardet, Jean-Baptiste Rouquier & Pablo Jensen (2012). « Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity ». Journal of the American Society for Information Science and Technology, vol. 63, n°7, 10.1002/asi.22644. doi : 10.1002/asi.22644. ArXiv : 1206.2216. HAL : hal-00706567.
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- Olivier Gandrillon, Delphine Kolesnik-Antoine, Jean-Jacques Kupiec & Guillaume Beslon (2012). « Chance at the heart of the cell ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, vol. 110, n°1, pp. 1-4. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.05.006. HAL : hal-00720052.
- Conférences (1)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2012). « The Paradoxical Effects of Allelic Recombination on Fitness ». Proceedings of Artificial Life XIII, 22 juillet 2012, East Lansing (France), pp. 536-537. HAL : hal-00759142.
- Autres (1)
- Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). « Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution ». SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 juin 2012, Dublin (Irlande). Poster. HAL : hal-00762597.
- 2011 (7)
- Revues (3)
- Revues internationales avec comité de lecture (2)
- Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Hédi Soula (2011). « Enhanced Stimulus Encoding Capabilities with Spectral Selectivity in Inhibitory Circuits by STDP ». Neural Computation, vol. 23, n°4, pp. 882-908. HAL : inria-00593704.
- Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin et al. (2011). « Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, vol. 130, n°3, pp. 211-228. doi : 10.1007/s12064-010-0118-4. HAL : hal-00643738.
- Revues nationales avec comité de lecture (1)
- Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen & Nicolas Schabanel (2011). « Les complexités : point de vue d'un institut des systèmes complexes ». Hermès, La Revue - Cognition, communication, politique, vol. 2, n°60, pp. 145-150. doi : 10.4267/2042/45459. HAL : hal-00744520.
- Conférences (2)
- Conférences internationales avec comité de lecture (2)
- David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). « Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability. ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
- Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). « Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
- Autres (2)
- François Smekens, Jean-Michel Létang, Nicolas Freud, Bruno Sixou & Guillaume Beslon (2011). « Optimization of proton therapy ballistics using a genetic algorithm ». Particle Therapy Co-Operative Group, PTCOG, 8 mai 2011, Philadelphia (US) (États-Unis). Poster. HAL : hal-01354428.
- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Valérie Morin, Elodie Vallin, Antoine Coulon, Camila Meijia-Pous, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2011). « Chromatin is a major player in regulating gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Stochastic Systems Biology conference, 19 juillet 2011, Ascona (Suisse). Poster. HAL : hal-01354566.
- 2010 (8)
- Revues (4)
- Revues internationales avec comité de lecture (3)
- Antoine Coulon, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2010). « On the spontaneous stochastic dynamics of a single gene: complexity of the molecular interplay at the promoter. ». BMC Systems Biology, vol. 4, p. 2. doi : 10.1186/1752-0509-4-2. HAL : hal-00542455.
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- Guillaume Beslon, David Parsons, Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose-Maria Peña & Carole Knibbe (2010). « Scaling Laws in Bacterial Genomes: A Side-Effect of Selection of Mutational Robustness ». BioSystems, vol. 102, n°1, pp. 32-40. doi : 10.1016/j.biosystems.2010.07.009. HAL : inria-00593709.
- Guillaume Beslon, David P. Parsons, Jose-Maria Pena, Christophe Rigotti & Yolanda Sanchez-Dehesa (2010). « From Digital Genetics to Knowledge Discovery: Perspectives in Genetic Network Understanding ». Intelligent Data Analysis, vol. 14, n°2, pp. 173-191. doi : 10.3233/IDA-2010-0415. HAL : hal-00697024.
- Autres revues (1)
- Guillaume Beslon & Joanna Jongwane (2010). « À propos de la validité des modèles ». Interstices. HAL : hal-01350237.
- Conférences (4)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Importance of the rearrangement rates on the organization of transcription. ». Proceedings of Artificial Life XII, 19 août 2010, Odense (Danemark), pp. 479-486. HAL : hal-00697043.
- Conférences nationales avec comité de lecture (3)
- David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Aevol : un modèle individu-centré pour l’étude de la structuration des génomes ». MajecSTIC, 13 octobre 2010, Bordeaux (France), inconnue. HAL : hal-01381560.
- David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription ». JOBIM, 7 juin 2010, Montpellier (France), inconnue. HAL : hal-01381518.
- David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription ». Integrative Post-Genomics, 25 novembre 2010, Lyon (France), inconnue. HAL : hal-01381618.
- 2009 (4)
- Conférences (2)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena & Carole Knibbe (2009). « Scaling Laws in Digital Organisms ». Proc. Information Processing in Cells and Tissues IPCAT'09, 5 avril 2009, Ascona (Suisse), pp. 111-114. HAL : hal-01437632.
- Conférences nationales avec comité de lecture (1)
- David P. Parsons, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Yolanda Sanchez-Dehesa & Jose Maria Pena (2009). « Evolution of scaling laws in artificial regulation networks ». Integrative Post-Genomics, 18 novembre 2009, Lyon (France), pp. 22-22. HAL : hal-01437814.
- Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
- Antoine Coulon, Guillaume Beslon, François Chatelain, Alexandra Fuchs, Olivier Gandrillon, M Gineste, Jean-Jacques Kupiec, Camila Mejia-Perez & Andras Paldi (2009). « Mécanismes moléculaires et fonction biologique de la variabilité de l'expression génique à l'échelle de la cellule unique : une approche systémique ». Le Hasard au coeur de la cellule, Syllepse edition, pp. 82-111. doi : 10.3917/edmat.kupie.2011.01.0082. HAL : hal-01499539.
- Autres (1)
- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2009). « Relationship between chromosomal features and gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Integrative Post-Genomics, 18 novembre 2009, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01437813.
- 2008 (13)
- Revues (4)
- Revues internationales avec comité de lecture (2)
- Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoï Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu et al. (2008). « From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems ». Theoretical Biology Insights, vol. 1, pp. 13-22. HAL : inria-00331281.
- Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2008). « Modelling Evolution of Regulatory Networks in Artificial Bacteria ». Mathematical Modelling of Natural Phenomena, vol. 3, pp. 27-66. doi : 10.1051/mmnp:2008054. HAL : hal-01500393.
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- Revues nationales avec comité de lecture (2)
- Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2008). « Large multiprotein structures modeling and simulation: the need for mesoscopic models. ». Methods in Molecular Biology, vol. 484, pp. 537-58. doi : 10.1007/978-1-59745-398-1_32. HAL : hal-00294029.
- C. Knibbe, J. M. Fayard & Guillaume Beslon (2008). « The topology of the protein network influences the dynamics of gene order: from systems biology to a systemic understanding of evolution ». Artificial Life, vol. 14, n°1, pp. 149-156. doi : 10.1162/artl.2008.14.1.149. HAL : hal-00391448.
- Conférences (6)
- Conférences internationales avec comité de lecture (1)
- Guillaume Beslon, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Carole Knibbe, Stéphane Génieys & Marie-France Sagot (2008). « Evolution des organismes bactériens ». Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Villeurbanne (France), 12 diapos. HAL : hal-02822501.
- Conférences nationales avec comité de lecture (5)
- Guillaume Beslon (2008). « Evolution of genome structure : a computational approach ». Workshop “Evolutionary Dynamics”, Utrecht (Pays-Bas). HAL : hal-01615228.
- Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto et al. (2008). « From bioputing to bactoputing: computing with bacteria ». Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 11 avril 2008, Paris (France), pp. 123-150. HAL : hal-00340470.
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- Guillaume Beslon, Sara Franceschelli & Carole Knibbe (2008). « Petits bricolages en évolution ». "Génies de la Bricole et du Bricolage", colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, 28 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614309.
- Virginie Lefort & Guillaume Beslon (2008). « Optimisation incrémentale de réseaux de neurones RBF pour la régression via un algorithme évolutionnaire : RBF-Gene ». Actes 8° Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances EGC'08, 1 février 2008, Sophia-Antipolis (France), pp. 331-336. HAL : hal-01614293.
- Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa & Jose Maria Pena (2008). « Modeling evolution of genetic regulation in artificial bacteria ». European Conference on Complex Systems, 19 septembre 2008, Jérusalem (Israël), p. 4. HAL : hal-01614302.
- HDR, thèses (1)
- HDR (1)
- Guillaume Beslon (2008). « Apprivoiser la vie ». HAL : hal-01470048.
- Autres (2)
- Hédi Soula & Guillaume Beslon (2008). « Modeling membrane micro-domain formation through inhomogeneous diffusion ». Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01614515.
- Antoine Coulon, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2008). « Gene expression and the dynamics of transcriptional regulation : a model for theoretical and experimental investigations ». Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01614314.
- 2007 (10)
- Revues (1)
- Revues nationales avec comité de lecture (1)
- Antoine Coulon, Hédi Soula, Olivier Mazet, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2007). « Modélisation cellulaire pour l'émergence de structures multiprotéiques auto-organisées ». Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, vol. 26, pp. 123-148. doi : 10.3166/tsi.26.123-148. HAL : hal-01613745.
- Conférences (8)
- Conférences internationales avec comité de lecture (4)
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Loïc Cerf, Jose Maria Pena, Jean-François Boulicaut & Guillaume Beslon (2007). « Artificial Regulatory Networks Evolution ». Proc 1st Int Workshop on Machine Learning for Systems Biology MLSB 07, 25 septembre 2007, Evry (France), pp. 47-52. HAL : hal-01502737.
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- Gaël Kaneko, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2007). « Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics ». Integrative Post-Genomics, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01596355.
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « Generating Data form the Evolution of Artificial Regulatory Networks ». Workshop Data Mining in Functional Genomics and Proteomics. Current Trends and Future Directions co-located with ECML/PKDD 07, 21 septembre 2007, Varsovie (Pologne), pp. 91-103. HAL : hal-01613779.
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Guillaume Beslon & Jose Maria Pena (2007). « Modeling evolution of Regulatory Networks in Artificial Organisms ». 3rd International Symposium on Computational Life Science CompLife'07, 4 octobre 2007, Utrecht (Pays-Bas), pp. 87-98. doi : 10.1063/1.2793407. HAL : hal-01613768.
- Conférences nationales avec comité de lecture (4)
- Guillaume Beslon (2007). « Evolution de Second Ordre : le hasard sélectionné. ». Spring school on interdisciplinarity in biology "Hasard et Fluctuations en Biologie", Berder (France). HAL : hal-01615166.
- Guillaume Beslon (2007). « Systems Biology, where is the network ? ». Santa-Fe Institute, Santa-Fe (États-Unis). HAL : hal-01615180.
- Guillaume Beslon (2007). « Digital Genetics: Modéliser la dynamique évolutive des génomes ». Journées communes des clusters environnement et informatique à l'INRIA Montbonnot, Grenoble (France). HAL : hal-01615201.
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « RAevol, un modèle de génétique digitale des réseaux de régulation ». Réseaux d'Interactions : Analyse, Modélisation, Simulation, RIAMS 2007, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01613852.
- Autres (1)
- Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2007). « Binding cooperation and competition among transcription factors can cause complex stochastic properties in gene expression ». Integrative Post-Genomics, IPG'07, 29 novembre 2007, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01613869.
- 2006 (3)
- Revues (1)
- Revues internationales avec comité de lecture (1)
- Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Stephen Christensen, A. James, François Képès, Virginie Lefort, F. Julian, Miroslav Radman & Jeremy J. Ramsden (2006). « Guidelines: From artificial evolution to computational evolution: a research agenda ». Nature Reviews Genetics, vol. 7, n°9, pp. 729-735. doi : 10.1038/nrg1921. HAL : hal-00793902.
- Conférences (2)
- Conférences nationales avec comité de lecture (2)
- Guillaume Beslon (2006). « Evolution et Robustesse : un équilibre complexe aux conséquences inattendues. ». Journées de Gerland "Systèmes complexes et biologie", 12 décembre 2006, Lyon (France). HAL : hal-01615165.
- Guillaume Beslon (2006). « Multi-Agent Modeling of Nuclear Structures. ». Spring workshop on biological systems modeling, Bombannes (France). HAL : hal-01615151.