Guillaume Beslon


Professeur des universités


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Institut National des Sciences Appliquées de Lyon
Implantation
CEI (INRIA)
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Publications

Publications LIRIS pour Guillaume Beslon (114)

  • 2018 (4)
    • Conférences (3)
    • Autres (1)
      •  Joel Lehman, Jeff Clune, Dusan Misevic, Christoph Adami, Julie Beaulieu, Peter J. Bentley, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, David M. Bryson et al. (2018). « The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities ». ArXiv : 1803.03453. HAL : hal-01735473.
  • 2017 (8)
    • Revues (3)
    • Conférences (4)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (3)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2017). « Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools ». ALPHY (ALignments and PHYlogeny), 2 février 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569078. .
    • Autres (1)
      •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago F Elena (2017). « Testing evolution predictability using the aevol software ». 16th international meeting of the European Society of Evolutionary Biology (ESEB 2017), 25 août 2017, Groningen (Pays-Bas). HAL : hal-01577115. .
  • 2016 (25)
    • Revues (2)
      • Revues internationales avec comité de lecture (2)
        •  Tim Taylor, Mark Bedau, Alastair Channon, David Ackley, Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Emily Dolson, Tom Froese, Simon Hickinbotham et al. (2016). « Open-Ended Evolution: Perspectives from the OEE Workshop in York ». Artificial Life, vol. 22, 3, pp. 408-423. doi : 10.1162/ARTL_a_00210. HAL : hal-01371116. .
        •  Wolfgang Banzhaf, Bert Baumgaertner, Guillaume Beslon, René Doursat, James A Foster, Barry Mcmullin, Vinicius Veloso De Melo, Thomas Miconi, Lee Spector et al. (2016). « Defining and simulating open-ended novelty: requirements, guidelines, and challenges. ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences. doi : 10.1007/s12064-016-0229-7. HAL : hal-01323108.
    • Conférences (8)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (7)
        •  Susan Stepney & Guillaume Beslon (2016). « Open-Endedness: Definitions and Shortcuts ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375671. .
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375677. .
        •  Jacob Rutten, Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). « Evolution of mutator populations in constant environments ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375669. .
        •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago Elena (2016). « Evolvability drives innovation in viral genomes ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (France). HAL : hal-01375665. .
        •  Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution suggests a complex intertwining of selection, robustness and drift in the evolution of genetic networks complexity ». Artificial Life, 8 juillet 2016, Cancun (Mexique). HAL : hal-01375645. .
        •  Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2016). « A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments ». Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, 19 juin 2016, Huddersfield (Royaume-Uni), pp. 1-8. HAL : hal-01368034.
        •  Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). « Comparative Genomics on Artificial Life ». Computability in Europe, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
        •  Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics ». Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 juin 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657. .
    • Rapports (14)
    • Autres (1)
  • 2015 (11)
  • 2014 (10)
  • 2013 (5)
    • Revues (3)
      • Revues internationales avec comité de lecture (3)
        •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Elodie Vallin, Valérie Morin, Camila Mejia-Pous, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2013). « Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts. ». BMC Biology, vol. 11, 1, p. 15. doi : 10.1186/1741-7007-11-15. HAL : inserm-00817963. .
        •  Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon & Hugues Berry (2013). « Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium ». Biophysical Journal, vol. 105, 9, pp. 2064-2073. doi : 10.1016/j.bpj.2013.07.023. ArXiv : 1207.5725. HAL : hal-00720515. .
        •  Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2013). « In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios ». BMC Bioinformatics, vol. 14, Suppl 15, S11. HAL : hal-00873232. .
    • Conférences (1)
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  Hugues Berry & Guillaume Beslon (2013). « De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs ». Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, Paris. HAL : hal-00815550.
  • 2012 (7)
    • Revues (5)
      • Revues internationales avec comité de lecture (5)
        •  Hédi Soula, Antoine Coulon & Guillaume Beslon (2012). « Membrane microdomains emergence through non-homogeneous diffusion. ». BMC Biophysics, vol. 5, 1, p. 6. doi : 10.1186/2046-1682-5-6. HAL : inserm-00768564. .
        •  Sebastian Grauwin, Guillaume Beslon, Eric Fleury, Sara Franceschelli, Céline Robardet, Jean-Baptiste Rouquier & Pablo Jensen (2012). « Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity ». Journal of the American Society for Information Science and Technology, 10.1002/asi.22644. doi : 10.1002/asi.22644. ArXiv : 1206.2216. HAL : hal-00706567. .
        •  Olivier Gandrillon, Delphine Kolesnik-Antoine, Jean-Jacques Kupiec & Guillaume Beslon (2012). « Chance at the heart of the cell ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, vol. 110, 1, pp. 1-4. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.05.006. HAL : hal-00720052.
        •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2012). « Towards experimental manipulation of stochasticity in gene expression. ». Progress in Biophysics and Molecular Biology, epub ahead of print. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2012.04.010. HAL : hal-00720054.
        •  Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2012). « New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution ». Nature Reviews Microbiology, vol. 10, pp. 352-365. HAL : hal-00696231.
    • Conférences (1)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
    • Autres (1)
      •  Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). « Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution ». SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 juin 2012, Dublin (Irlande). HAL : hal-00762597.
  • 2011 (7)
    • Revues (3)
      • Revues internationales avec comité de lecture (2)
        •  Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin et al. (2011). « Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing ». Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, vol. 130, 3, pp. 211-228. doi : 10.1007/s12064-010-0118-4. HAL : hal-00643738.
        •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Hédi Soula (2011). « Enhanced Stimulus Encoding Capabilities with Spectral Selectivity in Inhibitory Circuits by STDP ». Neural Computation, vol. 23, 4, pp. 882-908. HAL : inria-00593704.
      • Revues nationales avec comité de lecture (1)
        •  Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen & Nicolas Schabanel (2011). « Les complexités : point de vue d'un institut des systèmes complexes ». Hermès, La Revue- Cognition, communication, politique, 60, pp. 145-150. HAL : hal-00744520.
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (2)
        •  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). « Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability. ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
        •  Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). « Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
    • Autres (2)
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Valérie Morin, Elodie Vallin, Antoine Coulon, Camila Meijia-Pous, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2011). « Chromatin is a major player in regulating gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Stochastic Systems Biology conference, 19 juillet 2011, Ascona (Suisse). HAL : hal-01354566.
      •  François Smekens, Jean-Michel Létang, Nicolas Freud, Bruno Sixou & Guillaume Beslon (2011). « Optimization of proton therapy ballistics using a genetic algorithm ». Particle Therapy Co-Operative Group, PTCOG, 8 mai 2011, Philadelphia (US) (États-Unis). HAL : hal-01354428.
  • 2010 (8)
  • 2009 (4)
    • Conférences (2)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (1)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (1)
    • Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
      •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon, François Chatelain, Alexandra Fuchs, Olivier Gandrillon, M Gineste, Jean-Jacques Kupiec, Camila Mejia-Perez & Andras Paldi (2009). « Mécanismes moléculaires et fonction biologique de la variabilité de l'expression génique à l'échelle de la cellule unique : une approche systémique ». Le Hasard au coeur de la cellule, Syllepse edition, pp. 82-111. doi : 10.3917/edmat.kupie.2011.01.0082. HAL : hal-01499539.
    • Autres (1)
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2009). « Relationship between chromosomal features and gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells ». Integrative Post-Genomics, 18 novembre 2009, Lyon (France). HAL : hal-01437813.
  • 2008 (12)
    • Revues (4)
      • Revues internationales avec comité de lecture (2)
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2008). « Modelling Evolution of Regulatory Networks in Artificial Bacteria ». Mathematical Modelling of Natural Phenomena, vol. 3, pp. 27-66. doi : 10.1051/mmnp:2008054. HAL : hal-01500393. .
        •  Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoi Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu et al. (2008). « From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems ». Theoretical Biology Insights, vol. 1, pp. 13-22. HAL : inria-00331281.
      • Revues nationales avec comité de lecture (2)
    • Conférences (5)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (5)
        •  Guillaume Beslon (2008). « Evolution of genome structure : a computational approach ». Workshop “Evolutionary Dynamics”, Utrecht (Pays-Bas). HAL : hal-01615228.
        •  Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto et al. (2008). « From bioputing to bactoputing: computing with bacteria ». Proceedings of the Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics (France). HAL : hal-00340470.
        •  Guillaume Beslon, Sara Franceschelli & Carole Knibbe (2008). « Petits bricolages en évolution ». "Génies de la Bricole et du Bricolage", colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, 28 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614309.
        •  Virginie Lefort & Guillaume Beslon (2008). « Optimisation incrémentale de réseaux de neurones RBF pour la régression via un algorithme évolutionnaire : RBF-Gene ». Actes 8° Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances EGC'08, 1 février 2008, Sophia-Antipolis (France), pp. 331-336. HAL : hal-01614293.
        •  Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa & Jose Maria Pena (2008). « Modeling evolution of genetic regulation in artificial bacteria ». European Conference on Complex Systems, 19 septembre 2008, Jérusalem (Israël), p. 4. HAL : hal-01614302.
    • HDR, thèses (1)
    • Autres (2)
      •  Antoine Coulon, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2008). « Gene expression and the dynamics of transcriptional regulation : a model for theoretical and experimental investigations ». Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614314.
      •  Hédi Soula & Guillaume Beslon (2008). « Modeling membrane micro-domain formation through inhomogeneous diffusion ». Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614515.
  • 2007 (10)
    • Revues (1)
      • Revues nationales avec comité de lecture (1)
        •  Antoine Coulon, Hédi Soula, Olivier Mazet, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2007). « Modélisation cellulaire pour l'émergence de structures multiprotéiques auto-organisées ». Technique et Science Informatiques, vol. 26, pp. 123-148. doi : 10.3166/tsi.26.123-148. HAL : hal-01613745.
    • Conférences (8)
      • Conférences internationales avec comité de lecture (4)
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « Generating Data form the Evolution of Artificial Regulatory Networks ». Workshop Data Mining in Functional Genomics and Proteomics. Current Trends and Future Directions co-located with ECML/PKDD 07, 21 septembre 2007, Varsovie (Pologne), pp. 91-103. HAL : hal-01613779.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Guillaume Beslon & Jose Maria Pena (2007). « Modeling evolution of Regulatory Networks in Artificial Organisms ». 3rd International Symposium on Computational Life Science CompLife'07, 4 octobre 2007, Utrecht (Pays-Bas), pp. 87-98. doi : 10.1063/1.2793407. HAL : hal-01613768.
        •  Gaël Kaneko, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2007). « Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics ». Integrative Post-Genomics, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01596355.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Loïc Cerf, Jose Maria Pena, Jean-François Boulicaut & Guillaume Beslon (2007). « Artificial Regulatory Networks Evolution ». Proc 1st Int Workshop on Machine Learning for Systems Biology MLSB 07, 25 septembre 2007, Evry (France), pp. 47-52. HAL : hal-01502737. .
      • Conférences nationales avec comité de lecture (4)
        •  Guillaume Beslon (2007). « Evolution de Second Ordre : le hasard sélectionné. ». Spring school on interdisciplinarity in biology "Hasard et Fluctuations en Biologie", Berder (France). HAL : hal-01615166.
        •  Guillaume Beslon (2007). « Systems Biology, where is the network ? ». Santa-Fe Institute, Santa-Fe (États-Unis). HAL : hal-01615180.
        •  Guillaume Beslon (2007). « Digital Genetics: Modéliser la dynamique évolutive des génomes ». Journées communes des clusters environnement et informatique à l'INRIA Montbonnot, Grenoble (France). HAL : hal-01615201.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). « RAevol, un modèle de génétique digitale des réseaux de régulation ». Réseaux d'Interactions : Analyse, Modélisation, Simulation, RIAMS 2007, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01613852.
    • Autres (1)
      •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2007). « Binding cooperation and competition among transcription factors can cause complex stochastic properties in gene expression ». Integrative Post-Genomics, IPG'07, 29 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01613869.
  • 2006 (3)
    • Revues (1)
      • Revues internationales avec comité de lecture (1)
        •  Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Stephen Christensen, A. James, François Képès, Virginie Lefort, F. Julian, Miroslav Radman & Jeremy J. Ramsden (2006). « Guidelines: From artificial evolution to computational evolution: a research agenda ». Nature Reviews Genetics, vol. 7, 9, pp. 729-735. HAL : hal-00793902.
    • Conférences (2)
      • Conférences nationales avec comité de lecture (2)
        •  Guillaume Beslon (2006). « Multi-Agent Modeling of Nuclear Structures. ». Spring workshop on biological systems modeling, Bombannes (France). HAL : hal-01615151.
        •  Guillaume Beslon (2006). « Evolution et Robustesse : un équilibre complexe aux conséquences inattendues. ». Journées de Gerland "Systèmes complexes et biologie", 12 décembre 2006, Lyon (France). HAL : hal-01615165.