Guillaume Beslon


Professor


Team(s)Beagle
Institution
Institut National des Sciences Appliquées de Lyon
Location
CEI (INRIA)
Emailguillaume.beslon at liris.cnrs.fr
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Publications

Publications LIRIS pour Guillaume Beslon (126)

  • 2020 (4)
  • 2019 (4)
  • 2018 (6)
  • 2017 (8)
    • Journals (3)
    • Conferences (4)
    • Others (1)
      •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago F Elena (2017). "Testing evolution predictability using the aevol software". 16th international meeting of the European Society of Evolutionary Biology (ESEB 2017), 25 août 2017, Groningen (Netherlands). Poster. HAL : hal-01577115. .
  • 2016 (25)
    • Journals (2)
      • International journals with peer review (2)
        •  Wolfgang Banzhaf, Bert Baumgaertner, Guillaume Beslon, René Doursat, James A Foster, Barry Mcmullin, Vinicius Veloso De Melo, Thomas Miconi, Lee Spector et al. (2016). "Defining and simulating open-ended novelty: requirements, guidelines, and challenges.". Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences. doi : 10.1007/s12064-016-0229-7. HAL : hal-01323108.
        •  Tim Taylor, Mark Bedau, Alastair Channon, David Ackley, Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Emily Dolson, Tom Froese, Simon Hickinbotham et al. (2016). "Open-Ended Evolution: Perspectives from the OEE Workshop in York". Artificial Life, vol. 22, #3, pp. 408-423. doi : 10.1162/ARTL_a_00210. HAL : hal-01371116. .
    • Conferences (8)
      • International conferences with peer review (7)
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). "In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification". 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Netherlands). HAL : hal-01375677. .
        •  Jacob Rutten, Paulien Hogeweg & Guillaume Beslon (2016). "Evolution of mutator populations in constant environments". 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Netherlands). HAL : hal-01375669. .
        •  Susan Stepney & Guillaume Beslon (2016). "Open-Endedness: Definitions and Shortcuts". 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Netherlands). HAL : hal-01375671. .
        •  Guillaume Beslon, Vincent Liard & Santiago Elena (2016). "Evolvability drives innovation in viral genomes". 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (France). HAL : hal-01375665. .
        •  Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). "Comparative Genomics on Artificial Life". Computability in Europe, 27 juin 2016, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
        •  Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier & Christophe Rigotti (2016). "A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments". Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, 19 juin 2016, Huddersfield (United Kingdom), pp. 1-8. HAL : hal-01368034.
        •  Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2016). "In Silico Experimental Evolution suggests a complex intertwining of selection, robustness and drift in the evolution of genetic networks complexity". Artificial Life, 8 juillet 2016, Cancun (Mexico). HAL : hal-01375645. .
      • National conferences with peer review (1)
        •  Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). "In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics". Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 juin 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657. .
    • Reports (14)
    • Others (1)
  • 2015 (11)
  • 2014 (10)
  • 2013 (5)
    • Journals (3)
      • International journals with peer review (3)
    • Conferences (1)
    • Book edition (books, chapters, seminars, congress, special numbers) (1)
      •  Hugues Berry & Guillaume Beslon (2013). "De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs". Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, Paris. HAL : hal-00815550.
  • 2012 (7)
    • Journals (5)
      • International journals with peer review (5)
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
    • Others (1)
      •  Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). "Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution". SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 juin 2012, Dublin (Ireland). Poster. HAL : hal-00762597.
  • 2011 (7)
    • Journals (3)
      • International journals with peer review (2)
        •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Hédi Soula (2011). "Enhanced Stimulus Encoding Capabilities with Spectral Selectivity in Inhibitory Circuits by STDP". Neural Computation, vol. 23, #4, pp. 882-908. HAL : inria-00593704.
        •  Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin et al. (2011). "Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing". Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, vol. 130, #3, pp. 211-228. doi : 10.1007/s12064-010-0118-4. HAL : hal-00643738.
      • National journals with peer review (1)
        •  Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen & Nicolas Schabanel (2011). "Les complexités : point de vue d'un institut des systèmes complexes". Hermès, La Revue- Cognition, communication, politique, vol. 2, #60, pp. 145-150. doi : 10.4267/2042/45459. HAL : hal-00744520.
    • Conferences (2)
      • International conferences with peer review (2)
        •  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). "Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability.". Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
        •  Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). "Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes". Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
    • Others (2)
      •  François Smekens, Jean-Michel Létang, Nicolas Freud, Bruno Sixou & Guillaume Beslon (2011). "Optimization of proton therapy ballistics using a genetic algorithm". Particle Therapy Co-Operative Group, PTCOG, 8 mai 2011, Philadelphia (US) (United States of America). Poster. HAL : hal-01354428.
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Valérie Morin, Elodie Vallin, Antoine Coulon, Camila Meijia-Pous, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2011). "Chromatin is a major player in regulating gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells". Stochastic Systems Biology conference, 19 juillet 2011, Ascona (Switzerland). Poster. HAL : hal-01354566.
  • 2010 (8)
  • 2009 (4)
    • Conferences (2)
      • International conferences with peer review (1)
      • National conferences with peer review (1)
    • Book edition (books, chapters, seminars, congress, special numbers) (1)
      •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon, François Chatelain, Alexandra Fuchs, Olivier Gandrillon, M Gineste, Jean-Jacques Kupiec, Camila Mejia-Perez & Andras Paldi (2009). "Mécanismes moléculaires et fonction biologique de la variabilité de l'expression génique à l'échelle de la cellule unique : une approche systémique". Le Hasard au coeur de la cellule, Syllepse edition, pp. 82-111. doi : 10.3917/edmat.kupie.2011.01.0082. HAL : hal-01499539.
    • Others (1)
      •  José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2009). "Relationship between chromosomal features and gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells". Integrative Post-Genomics, 18 novembre 2009, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01437813.
  • 2008 (14)
    • Journals (4)
      • International journals with peer review (2)
        •  Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoi Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu et al. (2008). "From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems". Theoretical Biology Insights, vol. 1, pp. 13-22. HAL : inria-00331281.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2008). "Modelling Evolution of Regulatory Networks in Artificial Bacteria". Mathematical Modelling of Natural Phenomena, vol. 3, pp. 27-66. doi : 10.1051/mmnp:2008054. HAL : hal-01500393. .
      • National journals with peer review (2)
    • Conferences (7)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Guillaume Beslon, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Carole Knibbe, Stéphane Génieys & Marie-France Sagot (2008). "Evolution des organismes bactériens". Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Villeurbanne (France), 12 diapos. HAL : hal-02822501.
      • National conferences with peer review (6)
        •  Hubert Charles, Guillaume Beslon, Federica Calevro, J. F. Boulicaut, Jean-Michel Fayard, Gérard Febvay, C. Gautier, Yvan Rahbé & Marie-France Sagot (2008). "Les réseaux métaboliques et génétiques". Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Villeurbanne, juillet 2008 (France). HAL : hal-02818952.
        •  Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto et al. (2008). "From bioputing to bactoputing: computing with bacteria". Proceedings of the Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Paris (France). HAL : hal-00340470.
        •  Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa & Jose Maria Pena (2008). "Modeling evolution of genetic regulation in artificial bacteria". European Conference on Complex Systems, 19 septembre 2008, Jérusalem (Israel), p. 4. HAL : hal-01614302.
        •  Guillaume Beslon, Sara Franceschelli & Carole Knibbe (2008). "Petits bricolages en évolution". "Génies de la Bricole et du Bricolage", colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, 28 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614309.
        •  Guillaume Beslon (2008). "Evolution of genome structure : a computational approach". Workshop “Evolutionary Dynamics”, Utrecht (Netherlands). HAL : hal-01615228.
        •  Virginie Lefort & Guillaume Beslon (2008). "Optimisation incrémentale de réseaux de neurones RBF pour la régression via un algorithme évolutionnaire : RBF-Gene". Actes 8° Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances EGC'08, 1 février 2008, Sophia-Antipolis (France), pp. 331-336. HAL : hal-01614293.
    • HDR, thesis (1)
    • Others (2)
      •  Antoine Coulon, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2008). "Gene expression and the dynamics of transcriptional regulation : a model for theoretical and experimental investigations". Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01614314.
      •  Hédi Soula & Guillaume Beslon (2008). "Modeling membrane micro-domain formation through inhomogeneous diffusion". Integrative Post-Genomics, IPG'08, 21 novembre 2008, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01614515.
  • 2007 (10)
    • Journals (1)
      • National journals with peer review (1)
        •  Antoine Coulon, Hédi Soula, Olivier Mazet, Olivier Gandrillon & Guillaume Beslon (2007). "Modélisation cellulaire pour l'émergence de structures multiprotéiques auto-organisées". Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, vol. 26, pp. 123-148. doi : 10.3166/tsi.26.123-148. HAL : hal-01613745.
    • Conferences (8)
      • International conferences with peer review (4)
        •  Gaël Kaneko, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2007). "Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics". Integrative Post-Genomics, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01596355.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Loïc Cerf, Jose Maria Pena, Jean-François Boulicaut & Guillaume Beslon (2007). "Artificial Regulatory Networks Evolution". Proc 1st Int Workshop on Machine Learning for Systems Biology MLSB 07, 25 septembre 2007, Evry (France), pp. 47-52. HAL : hal-01502737. .
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Guillaume Beslon & Jose Maria Pena (2007). "Modeling evolution of Regulatory Networks in Artificial Organisms". 3rd International Symposium on Computational Life Science CompLife'07, 4 octobre 2007, Utrecht (Netherlands), pp. 87-98. doi : 10.1063/1.2793407. HAL : hal-01613768.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). "Generating Data form the Evolution of Artificial Regulatory Networks". Workshop Data Mining in Functional Genomics and Proteomics. Current Trends and Future Directions co-located with ECML/PKDD 07, 21 septembre 2007, Varsovie (Poland), pp. 91-103. HAL : hal-01613779.
      • National conferences with peer review (4)
        •  Guillaume Beslon (2007). "Systems Biology, where is the network ?". Santa-Fe Institute, Santa-Fe (United States of America). HAL : hal-01615180.
        •  Guillaume Beslon (2007). "Digital Genetics: Modéliser la dynamique évolutive des génomes". Journées communes des clusters environnement et informatique à l'INRIA Montbonnot, Grenoble (France). HAL : hal-01615201.
        •  Guillaume Beslon (2007). "Evolution de Second Ordre : le hasard sélectionné.". Spring school on interdisciplinarity in biology "Hasard et Fluctuations en Biologie", Berder (France). HAL : hal-01615166.
        •  Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena & Guillaume Beslon (2007). "RAevol, un modèle de génétique digitale des réseaux de régulation". Réseaux d'Interactions : Analyse, Modélisation, Simulation, RIAMS 2007, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01613852.
    • Others (1)
      •  Antoine Coulon, Guillaume Beslon & Olivier Gandrillon (2007). "Binding cooperation and competition among transcription factors can cause complex stochastic properties in gene expression". Integrative Post-Genomics, IPG'07, 29 novembre 2007, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01613869.
  • 2006 (3)
    • Journals (1)
      • International journals with peer review (1)
        •  Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Stephen Christensen, A. James, François Képès, Virginie Lefort, F. Julian, Miroslav Radman & Jeremy J. Ramsden (2006). "Guidelines: From artificial evolution to computational evolution: a research agenda". Nature Reviews Genetics, vol. 7, #9, pp. 729-735. doi : 10.1038/nrg1921. HAL : hal-00793902.
    • Conferences (2)
      • National conferences with peer review (2)
        •  Guillaume Beslon (2006). "Multi-Agent Modeling of Nuclear Structures.". Spring workshop on biological systems modeling, Bombannes (France). HAL : hal-01615151.
        •  Guillaume Beslon (2006). "Evolution et Robustesse : un équilibre complexe aux conséquences inattendues.". Journées de Gerland "Systèmes complexes et biologie", 12 décembre 2006, Lyon (France). HAL : hal-01615165.