Publications LIRIS pour Carole Knibbe (56)

• 2023 (1)
• Revues (1)
• Revues internationales avec comité de lecture (1)
•  Paul Banse, Juliette Luiselli, David Parsons, Théotime Grohens, Marco Foley, Leonardo Trujillo, Jonathan Rouzaud‐Cornabas, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2023). « Forward‐in‐time simulation of chromosomal rearrangements: The invisible backbone that sustains long‐term adaptation ». Molecular Ecology. doi : 10.1111/mec.17234. HAL : hal-04350147. .
• 2022 (1)
• Autres (1)
•  Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski & Carole Knibbe (2022). « Uptake of fatty acids by the enterocyte: the role of intracellular metabolism ». 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 19 septembre 2022, Heidelberg (France). Poster. HAL : hal-03921859.
• 2021 (3)
• HDR, thèses (1)
• HDR (1)
•  Carole Knibbe (2021). « Modèles computationnels de cellules biologiques pour l'évolution moléculaire et la nutrition ». HAL : tel-03701421. .
• Autres (2)
•  Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski & Carole Knibbe (2021). « A mathematical model for the uptake of fatty acids by the enterocyte ». EDISS 205 2021 - Journée de l'Ecole Doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé, 18 novembre 2021, Online (France). Poster. HAL : hal-03485600.
•  Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski & Carole Knibbe (2021). « Uptake of fatty acids by the enterocyte: New insights gained from mathematical modeling ». AOCS Annual Meeting & Expo 2021, 3 mai 2021, Online (États-Unis). Poster. HAL : hal-03252034.
• 2020 (7)
• Revues (5)
• Revues internationales avec comité de lecture (5)
•  Chloé Robert, Leslie Couëdelo, Carole Knibbe, Laurence Fonseca, Charline Buisson, Elisabeth Errazuriz-Cerda, Emmanuelle Meugnier, Emmanuelle Loizon, Carole Vaysse & Marie-Caroline Michalski (2020). « Rapeseed Lecithin Increases Lymphatic Lipid Output and α-Linolenic Acid Bioavailability in Rats ». Journal of Nutrition, vol. 150, n°11, pp. 2900-2911. doi : 10.1093/jn/nxaa244. HAL : hal-03149749.
•  Chloé Robert, Charline Buisson, Leslie Couedelo, Carole Knibbe, Emmanuelle Meugnier, Emmanuelle Loizon, Laurence Fonseca, Fabienne Laugerette, Carole Vaysse & Marie-Caroline Michalski (2020). « Impact of vegetable lecithin on lipid metabolism and the bioavailability of alpha-linolenic acid in rodents ». Journal of the American Oil Chemists' Society, vol. 97, pp. 66-66. HAL : hal-03531978.
•  Marine Vincent, Olivia Ménard, Julie Etienne, Jordane Ossemond, Annie Durand, Rachel Buffin, Emmanuelle Loizon, Emmanuelle Meugnier, Amélie Deglaire et al. (2020). « Human milk pasteurisation reduces pre-lipolysis but not digestive lipolysis and moderately decreases intestinal lipid uptake in a combination of preterm infant in vitro models ». Food Chemistry, vol. 329, p. 126927. doi : 10.1016/j.foodchem.2020.126927. HAL : hal-02862386. .
•  Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe & Samuel Bernard (2020). « Phenotypic noise and the cost of complexity ». Evolution - International Journal of Organic Evolution. doi : 10.1111/evo.14083. HAL : hal-02920356. .
•  Joel Lehman, Jeff Clune, Dusan Misevic, Christoph Adami, Julie Beaulieu, Peter J. Bentley, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, David M. Bryson et al. (2020). « The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities ». Artificial Life, vol. 26, n°2, pp. 274-306. doi : 10.1162/artl_a_00319. ArXiv : 1803.03453. HAL : hal-01735473. .
• Autres (2)
•  Sabine Danthine, Cécile Vors, Annie Durand, Frédéric Carrière, Carole Knibbe, Marion Létisse & Marie-Caroline Michalski (2020). « Homogeneous triacylglycerol tracers can impact fat crystallization and its lipolysis rate under simulated physiological conditions ». Virtual 2020 AOCS Annual Meeting and Expo, 29 juin 2020, Montréal (Canada). Poster. HAL : hal-02917715.
•  Julie Etienne, Armelle Penhoat, Hugues Berry, Marie-Caroline Michalski & Carole Knibbe (2020). « Le trafic des triglycérides au travers de l’entérocyte : une vision mosaïque pour la modélisation mathématique ». JFN 2020 - Journées Francophones de Nutrition, 18 novembre 2020, En ligne (France). Poster. HAL : hal-03149846.
• 2019 (4)
• Revues (2)
• Revues internationales avec comité de lecture (2)
•  Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dusan Misevic (2019). « Introduction to the ECAL 2017 Special Issue ». Artificial Life, vol. 25, n°4, pp. 313-314. doi : 10.1162/artl_a_00298. HAL : hal-02428658. .
•  Sabine Danthine, Cécile Vors, Damien Agopian, Annie Durand, Romain Guyon, Frédéric Carrière, Carole Knibbe, Marion Létisse & Marie-Caroline Michalski (2019). « Homogeneous triacylglycerol tracers have an impact on the thermal and structural properties of dietary fat and its lipolysis rate under simulated physiological conditions ». Chemistry and Physics of Lipids. doi : 10.1016/j.chemphyslip.2019.104815. HAL : hal-02326893. .
• Conférences (1)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  Quentin Carde, Marco Foley, Carole Knibbe, David Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas & Guillaume Beslon (2019). « How to reduce a genome? ALife as a tool to teach the scientific method to school pupils ». ALIFE 2019 - Conference on Artificial Life, 2 août 2019, Newcastle (Royaume-Uni), pp. 497-504. doi : 10.1162/isal_a_00211. HAL : hal-02285718. .
• Autres (1)
•  Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe & Samuel Bernard (2019). « Phenotypic Noise and the Cost of Complexity ». EvoLyon 2019, 26 novembre 2019, Lyon (France). Poster. HAL : hal-02402443. .
• 2018 (1)
• Revues (1)
• Revues internationales avec comité de lecture (1)
•  Carole Knibbe (2018). « Souvenirs from ECAL 2017: create, play, experiment, discover – revealing the experimental power of virtual worlds ». Adaptive Behavior, vol. 26, n°1, pp. 37-40. HAL : hal-01952933. .
• 2017 (3)
• Revues (1)
• Revues internationales avec comité de lecture (1)
•  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2017). « Beware batch culture: Seasonality and niche construction predicted to favor bacterial adaptive diversification ». PLoS Computational Biology, vol. 13, n°3, e1005459 (32 pages. doi : 10.1371/journal.pcbi.1005459.s006. HAL : hal-01508751. .
• Conférences (2)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2017). « Environmental seasonality drives digital populations towards stable cross-feeding ». European Conference on Artificial Life (ECAL), 8 septembre 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569093. .
• Conférences nationales avec comité de lecture (1)
•  Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2017). « Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools ». ALPHY (ALignments and PHYlogeny), 2 février 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569078. .
• 2016 (5)
• Revues (1)
• Revues internationales avec comité de lecture (1)
•  Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe & Eric Tannier (2016). « Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation ». Genome Biology and Evolution, vol. 8, n°5, pp. 1427-1439. doi : 10.1093/gbe/evw083. HAL : hal-01334923. .
• Conférences (3)
• Conférences internationales avec comité de lecture (2)
•  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 septembre 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375677. .
•  Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). « Comparative Genomics on Artificial Life ». Computability in Europe, 27 juin 2016, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
• Conférences nationales avec comité de lecture (1)
•  Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics ». Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 juin 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657. .
• Autres (1)
•  Bérénice Batut, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « Unexpected genome inflation and streamlining in variable environments ». Journées ouvertes de Biologie Informatique & Mathématiques 2016, 30 juin 2016, Lyon (France). Poster. HAL : hal-01375653.
• 2015 (1)
• Conférences (1)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  Charles Rocabert, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2015). « Towards a Integrated Evolutionary Model to Study Evolution of Evolution ». EvoEvo Workshop (Satellite workshop of ECAL 2015), 24 juillet 2015, York (Royaume-Uni). HAL : hal-01252796. .
• 2014 (6)
• Revues (2)
• Revues internationales avec comité de lecture (2)
•  Stephan Fischer, Samuel Bernard, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2014). « A Model for Genome Size Evolution ». Bulletin of Mathematical Biology, vol. 76, n°9, pp. 2249-2291. doi : 10.1007/s11538-014-9997-8. HAL : hal-01090984. .
•  Bérénice Batut, Carole Knibbe, Gabriel Marais & Vincent Daubin (2014). « Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum ». Nature Reviews Microbiology, vol. 12, n°12, pp. 841-850. doi : 10.1038/nrmicro3331. HAL : hal-01092392.
• Conférences (1)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  Carole Knibbe & David Parsons (2014). « What happened to my genes? Insights on gene family dynamics from digital genetics experiments ». ALIFE 14 (14th Intl. Conf. on the Synthesis and Simulation of Living Systems), 30 juillet 2014, New York, NY (États-Unis), pp. 33-40. doi : 10.7551/978-0-262-32621-6-ch006. HAL : hal-01093110.
• Rapports (3)
• Rapports de recherche/technique (3)
•  Guillaume Beslon, Paul Andrews, Carole Knibbe & Charles Rocabert (2014). « EvoEvo Deliverable 2.1 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577134. .
•  Guillaume Beslon, Paulien Hogeweg, Carole Knibbe, Charles Rocabert & Susan Stepney (2014). « EvoEvo Deliverable 2.3 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577138. .
•  Guillaume Beslon, Carole Knibbe & Charles Rocabert (2014). « EvoEvo Deliverable 2.5 ». Rapport de recherche. HAL : hal-01577142. .
• 2013 (4)
• Revues (1)
• Revues internationales avec comité de lecture (1)
•  Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2013). « In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios ». BMC Bioinformatics, vol. 14, Suppl 15, S11. HAL : hal-00873232. .
• Conférences (2)
• Conférences internationales avec comité de lecture (2)
•  Guillaume Beslon, Bérénice Batut, David P. Parsons, Dominique Schneider & Carole Knibbe (2013). « An alife game to teach evolution of antibiotic resistance ». ECAL - 12th European Conference on Artificial Life - 2013, 6 septembre 2013, Taormina (Italie), pp. 43-50. HAL : hal-00849345.
•  Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2013). « In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios ». 11th RECOMB - Comparative Genomics 2013, 19 octobre 2013, Villeurbane (France). HAL : hal-04764366.
• Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
•  Carole Knibbe (2013). « L'évolution expérimentale in silico ». Modéliser et simuler - Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation - Tome 1, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, pp. 581-610. HAL : hal-00850175.
• 2012 (3)
• Revues (1)
• Revues internationales avec comité de lecture (1)
•  Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2012). « New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution ». Nature Reviews Microbiology, vol. 10, n°5, pp. 352-365. doi : 10.1038/nrmicro2750. HAL : hal-00696231.
• Conférences (1)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2012). « The Paradoxical Effects of Allelic Recombination on Fitness ». Proceedings of Artificial Life XIII, 22 juillet 2012, East Lansing (France), pp. 536-537. HAL : hal-00759142.
• Autres (1)
•  Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). « Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution ». SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 juin 2012, Dublin (Irlande). Poster. HAL : hal-00762597.
• 2011 (2)
• Conférences (2)
• Conférences internationales avec comité de lecture (2)
•  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). « Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability. ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
•  Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). « Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 août 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
• 2010 (5)
• Revues (1)
• Revues internationales avec comité de lecture (1)
•  Guillaume Beslon, David Parsons, Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose-Maria Peña & Carole Knibbe (2010). « Scaling Laws in Bacterial Genomes: A Side-Effect of Selection of Mutational Robustness ». BioSystems, vol. 102, n°1, pp. 32-40. doi : 10.1016/j.biosystems.2010.07.009. HAL : inria-00593709.
• Conférences (4)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Importance of the rearrangement rates on the organization of transcription. ». Proceedings of Artificial Life XII, 19 août 2010, Odense (Danemark), pp. 479-486. HAL : hal-00697043.
• Conférences nationales avec comité de lecture (3)
•  David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription ». Integrative Post-Genomics, 25 novembre 2010, Lyon (France), inconnue. HAL : hal-01381618.
•  David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Aevol : un modèle individu-centré pour l’étude de la structuration des génomes ». MajecSTIC, 13 octobre 2010, Bordeaux (France), inconnue. HAL : hal-01381560.
•  David P. Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2010). « Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription ». JOBIM, 7 juin 2010, Montpellier (France), inconnue. HAL : hal-01381518.
• 2009 (2)
• Conférences (2)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena & Carole Knibbe (2009). « Scaling Laws in Digital Organisms ». Proc. Information Processing in Cells and Tissues IPCAT'09, 5 avril 2009, Ascona (Suisse), pp. 111-114. HAL : hal-01437632.
• Conférences nationales avec comité de lecture (1)
•  David P. Parsons, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Yolanda Sanchez-Dehesa & Jose Maria Pena (2009). « Evolution of scaling laws in artificial regulation networks ». Integrative Post-Genomics, 18 novembre 2009, Lyon (France), pp. 22-22. HAL : hal-01437814.
• 2008 (3)
• Revues (1)
• Revues nationales avec comité de lecture (1)
•  C. Knibbe, J. M. Fayard & Guillaume Beslon (2008). « The topology of the protein network influences the dynamics of gene order: from systems biology to a systemic understanding of evolution ». Artificial Life, vol. 14, n°1, pp. 149-156. doi : 10.1162/artl.2008.14.1.149. HAL : hal-00391448.
• Conférences (2)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  Guillaume Beslon, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Carole Knibbe, Stéphane Génieys & Marie-France Sagot (2008). « Evolution des organismes bactériens ». Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Villeurbanne (France), 12 diapos. HAL : hal-02822501.
• Conférences nationales avec comité de lecture (1)
•  Guillaume Beslon, Sara Franceschelli & Carole Knibbe (2008). « Petits bricolages en évolution ». "Génies de la Bricole et du Bricolage", colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, 28 novembre 2008, Lyon (France). HAL : hal-01614309.
• 2007 (3)
• Revues (2)
• Revues nationales avec comité de lecture (2)
•  C. Knibbe, A. Coulon, O. Mazet, J. M. Fayard & G. Beslon (2007). « A long-term evolutionary pressure on the amount of noncoding DNA ». Molecular Biology and Evolution, vol. 24, n°10, pp. 2344-2353. HAL : hal-00391447.
•  C. Knibbe, O. Mazet, F. Chaudier, J. M. Fayard & G. Beslon (2007). « Evolutionary coupling between the deleteriousness of gene mutations and the amount of non-coding sequences ». Journal of Theoretical Biology, vol. 244, n°4, pp. 621-630. HAL : hal-00391449.
• Conférences (1)
• Conférences internationales avec comité de lecture (1)
•  Gaël Kaneko, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2007). « Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics ». Integrative Post-Genomics, 28 novembre 2007, Lyon (France). HAL : hal-01596355.
• 2005 (2)
• Conférences (1)
• Conférences nationales avec comité de lecture (1)
•  G. Beslon & C. Knibbe (2005). « Modelling evolution of prokaryotic genomes: an integrative approach ». FEBS Advanced Lecture Course, System Biology: From Molecules and Modeling to Cells, 3-INV (conférences invitées)
  3-INV (conférences invitées), Gosau (Autriche), 2005 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391254.
• Éditions scientifique d'ouvrages (livres, chapitres, colloques, congrès, n° spéciaux) (1)
•  C. Knibbe, G. Beslon, F. Chaudier & J. M. Fayard (2005). « Designing artificial organisms to study the influence of gene pleitropy on genome evolution ». Proceedings of the System Biology Workshop at the 8th European Conference on Artificial Life (ECAL 2005), XXX, pp. 1-1. HAL : hal-00391534.