R-Aevol est un modèle d’évolution in silico qui a été développé pour pallier aux limites des modèles classiques. Dans R-Aevol, le réseau est basé sur un processus de reconnaissance des séquences de protéines (en Trans) et des séquences régulatrices des gènes (en Cis). R-Aevol permet ainsi d’étudier les dynamiques évolutives des réseaux de gènes de façon réaliste. L’objectif de ce travail de thèse est d’utiliser R-aevol pour étudier le processus d’adaptation des réseaux à des environnements variables.
Cette étude sera menée en collaboration avec l’équipe de Dominique Schneider au Laboratoire Adaptation et Pathogénie des Micro-organismes (LAPM, UMR5163, Grenoble). Cette équipe a en effet recueilli une somme de données montrant que, en présence d’un changement environnemental soudain, les réseaux de régulation de Escherichia coli se réorganisent en premier lieu au niveau des « Hubs » (les nœuds centraux du réseaux) et non au niveau des « feuilles » (les nœuds périphériques), ceux-ci n’étant affectés que dans un deuxième temps, probablement par des mutations dites compensatrices [Philippe et al., 2007 ; Cooper et al., 2008]. Dans le cadre du travail, il s’agira, d’essayer de comprendre cette dynamique en modélisant des changements environnementaux similaires dans R-aevol.