Bien que les réarrangements chromosomiques soient omniprésents dans tous les domaines de la vie, on sait très peu de choses sur leur importance évolutive, principalement parce que, en dehors de quelques mécanismes spécifiquement étudiés et bien documentés (interaction avec la recombinaison, la duplication de gènes, etc). Par conséquent, nous manquons d'une théorie générale pour rendre compte de leur contribution directe et indirecte à l'évolution. Dans cette thèse, nous utilisons un ensemble de plateformes de simulation couplées à une modélisation formelle pour comprendre l'importance évolutive des réarrangements chromosomiques. Bien qu'ils soient presque invisibles dans la phylogénie en raison de la rareté de leur fixation dans les lignées, nous montrons que les réarrangements chromosomiques apportent une contribution décisive à la dynamique évolutive. Nous montrons également que les réarrangements chromosomiques régulent étroitement la taille du génome par une sélection indirecte de la robustesse reproductive. Dans l'ensemble, nos résultats fournissent une compréhension théorique de la contribution des réarrangements chromosomiques à l'évolution.