Les systèmes biologiques sont des systèmes complexes au sens ou ils sont composés d’un très grand nombre d’éléments hétérogènes en interaction et que la dynamique de ces interactions donne naissance à une unité structurelle. L’objectif de la biologie des systèmes est d’identifier les mécanismes structurant par lesquels cette unité structurelle émerge de la multitude des interactions. Pour cela, nous proposons des approches de modélisation individu-centrée destinées à produire des hypothèses explicatives.Nous présentons ici les travaux réalisés dans trois domaines de la biologie : les neurosciences computationnelles, la biologie évolutive et la modélisation cellulaire. Dans les trois cas, nous présentons les questionnements abordés, les modèles développés et les hypothèses que nous avons pu produire.