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Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information

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Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information
UMR 5205 CNRS / INSA Lyon / Université Claude Bernard Lyon 1 / Université Lumière Lyon 2 / École Centrale de Lyon
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Carole Knibbe

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Associate Professor

Team Artificial Evolution and Computational Biology
 
Institution Claude Bernard University of Lyon 1 (UFR Informatique)
Location Nautibus (Université Lyon1)
 
E-mail carole.knibbe at liris.cnrs.fr
URL http://liris.cnrs.fr/~cknibbe
Contact details Publications

Publications LIRIS for Carole Knibbe (31)

  • 2017 (3)
    • Journals (1)
    • Conferences (2)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2017). « Environmental seasonality drives digital populations towards stable cross-feeding ». European Conference on Artificial Life (ECAL), 8 september 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569093. .
      • National conferences with peer review (1)
        •  Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2017). « Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools ». ALPHY (ALignments and PHYlogeny), 2 february 2017, Villeurbanne (France). HAL : hal-01569078. .
  • 2016 (5)
    • Journals (1)
      • International journals with peer review (1)
        •  Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe & Eric Tannier (2016). « Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation ». Genome Biology and Evolution, vol. 8, 5, pp. 1427-1439. doi : 10.1093/gbe/evw083. HAL : hal-01334923. .
    • Conferences (3)
      • International conferences with peer review (2)
        •  Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider & Guillaume Beslon (2016). « In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification ». 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, 20 september 2016, Amsterdam (Pays-Bas). HAL : hal-01375677. .
        •  Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Eric Tannier (2016). « Comparative Genomics on Artificial Life ». Computability in Europe, Paris (France), pp. 35-44. HAL : hal-01334930.
      • National conferences with peer review (1)
        •  Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2016). « In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics ». Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 30 june 2016, Lyon (France), pp. 79-82. HAL : hal-01375657. .
    • Others (1)
  • 2015 (1)
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
  • 2014 (3)
  • 2013 (3)
    • Journals (1)
    • Conferences (1)
    • Book edition (books, chapters, seminars, congress, special numbers) (1)
      •  Carole Knibbe (2013). « L'évolution expérimentale in silico ». Modéliser et simuler - Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation - Tome 1, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, pp. 581-610. HAL : hal-00850175.
  • 2012 (3)
    • Journals (1)
      • International journals with peer review (1)
        •  Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon & Dominique Schneider (2012). « New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution ». Nature Reviews Microbiology, vol. 10, pp. 352-365. HAL : hal-00696231.
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
    • Others (1)
      •  Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon & Carole Knibbe (2012). « Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution ». SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, 26 june 2012, Dublin (Irlande). HAL : hal-00762597.
  • 2011 (2)
    • Conferences (2)
      • International conferences with peer review (2)
        •  David Parsons, Carole Knibbe & Guillaume Beslon (2011). « Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability. ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 august 2011, Paris (France), pp. 622-629. HAL : hal-00696902.
        •  Carole Knibbe, David P. Parsons & Guillaume Beslon (2011). « Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes ». Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), 8 august 2011, Paris (France), pp. 414-415. HAL : hal-00696870.
  • 2010 (5)
  • 2009 (2)
    • Conferences (2)
      • International conferences with peer review (1)
      • National conferences with peer review (1)
  • 2007 (2)
    • Journals (2)
      • National journals with peer review (2)
        •  C. Knibbe, A. Coulon, O. Mazet, J. M. Fayard & G. Beslon (2007). « A long-term evolutionary pressure on the amount of noncoding DNA ». Molecular Biology and Evolution, vol. 24, 10, pp. 2344-2353. HAL : hal-00391447.
        •  C. Knibbe, O. Mazet, F. Chaudier, J. M. Fayard & G. Beslon (2007). « Evolutionary coupling between the deleteriousness of gene mutations and the amount of non-coding sequences ». Journal of Theoretical Biology, vol. 244, 4, pp. 621-630. HAL : hal-00391449.
  • 2005 (2)
    • Conferences (1)
      • National conferences with peer review (1)
        •  G. Beslon & C. Knibbe (2005). « Modelling evolution of prokaryotic genomes: an integrative approach ». FEBS Advanced Lecture Course, System Biology: From Molecules and Modeling to Cells, 3-INV (conférences invitées), Gosau (Autriche), 2005 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391254.
    • Book edition (books, chapters, seminars, congress, special numbers) (1)
      •  C. Knibbe, G. Beslon, F. Chaudier & J. M. Fayard (2005). « Designing artificial organisms to study the influence of gene pleitropy on genome evolution ». Proceedings of the System Biology Workshop at the 8th European Conference on Artificial Life (ECAL 2005), XXX, pp. 1-1. HAL : hal-00391534.

External publications

Publications outside LIRIS for Carole Knibbe (9)

  • 2008 (2)
    • Journals (1)
      • National journals with peer review (1)
        •  C. Knibbe, J. M. Fayard & G. Beslon (2008). « The topology of the protein network influences the dynamics of gene order: from systems biology to a systemic understanding of evolution ». Artificial Life, vol. 14, 1, pp. 149-156. doi : 10.1162/artl.2008.14.1.149. HAL : hal-00391448.
    • Conferences (1)
      • National conferences with peer review (1)
        •  G. Beslon, F. Calevro, H. Charles, J. M. Fayard, C. Knibbe, S. Genieys & M. F. Sagot (2008). « Evolution des organismes bactériens ». Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 5-COM (communications sans actes), Villeurbanne (France), juillet 2008 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391156.
  • 2006 (4)
    • Journals (1)
      • National journals with peer review (1)
        •  V. Lefort, C. Knibbe, G. Beslon & J. Favrel (2006). « Simultaneous optimization of weights and structure of a RBF Neural Network ». Lecture notes in computer science, vol. 3871, pp. 49-60. HAL : hal-00391452.
    • Conferences (2)
      • National conferences with peer review (2)
        •  C. Knibbe, A. Coulon, O. Mazet, J. M. Fayard & G. Beslon (2006). « Amount of non-coding sequences depends on mutation rate ». 10th Evolutionary Biology Meeting, 5-COM (communications sans actes), Marseille (France), 2006 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391446.
        •  C. Knibbe, G. Beslon & J. M. Fayard (2006). « Long-term needs for evolvability and robustness shape genome structure: a simulation study ». Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), 5-COM (communications sans actes), Bordeaux (France), 2006 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391437.
    • HDR, thesis (1)
      • Thesis (1)
        •  Carole Knibbe (2006). « Structuration des génomes par sélection indirecte de la variabilité mutationnelle : une approche de modélisation et de simulation ». HAL : tel-00482375. .
  • 2005 (3)
    • Journals (1)
      • National journals with peer review (1)
        •  C. Knibbe, G. Beslon, V. Lefort, F. Chaudier & J. M. Fayard (2005). « Self-adaptation of genome size in artificial organisms ». Lecture Notes in Artificial Intelligence, vol. 3630, pp. 423-432. HAL : hal-00391445.
    • Conferences (2)
      • National conferences with peer review (2)
        •  C. Knibbe, G. Beslon, F. Chaudier & J. M. Fayard (2005). « Designing artificial organisms to study the influence of gene pleitropy on genome evolution ». 8th European Conference on Artificial Life (ECAL 2005), 4-ACT (communications avec actes), Canterbury (Royaume-Uni), 2005 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391344.
        •  C. Knibbe, G. Beslon & J. M. Fayard (2005). « Evolutionary influence of the protein network topology on gene organisation in artificial organisms ». European Conference on Complex System (ECCS 2005), 5-COM (communications sans actes), Paris (France), 2005 (France), pp. 1-1. HAL : hal-00391436.

Last update : 2017-04-10 16:45:26