Pierre-Antoine Champin

Support de cours

http://champin.net/2016/lod

TP n°2 (6/12/2016)

Préparation

Téléchargez et installez le logiciel Protégé.

Lancez Progété, et choisissez l'option « Open OWL ontology from URI », et ouvrez l'ontologie :

http://champin.net/2016/tiw-interop/tp-owl.owl

Votre travail

Le rendu de ce travail (réalisé individuellement ou en binôme) est attendu pour dimanche 18 décembre à 23h59, à déposer sur Tomuss (UE Interopérabilité, TP_Onto_Groupe/Dépôt). Il comportera 1) un rapport répondant aux questions ci-dessous, et 2) le fichier .owl comportant vos modifications.

1. Ouvrez l'onglet 'Entites' pour vous familiariser avec l'ontologie, notamment via les panneaux de gauche: 'Class hierarchy', 'Object property hierarchy', 'Data property hierarchy', 'Individuals by type'. Examinez les différents axiomes portés par les différentes classes et propriétés. Reformulez en français les connaissances décrites dans cette ontogie.

   NB: dans l'interface de Protégé, les termes de l'ontologie sont toujours des liens, qui vous permettent de naviguer facilement d'un élément à l'autre, sans forcément passer par les panneaux de gauche.

2. Examinez les classes dont l'icône porte le symbole "≡". Ce sont des classes définies, par un axiome 'EquivalentClass'. Donnez une description textuelle de chacune de ces classes.
3. Lancez le moteur d'inférence. Dans le menu 'Reasoner', sélectionnez 'HermiT', puis 'Start reasoner'. Notez que de nouveaux axiomes (sur fond jaune pale) apparaissent, ainsi que de nouveaux sous-onglets ('Class hierarchy (inferred)'). Quels changements dans la hiérarchie de classes constatez-vous ? Expliquez les (vous pouvez utiliser le bouton '?' présent sur chaque axiome inféré).
4. Observez également les individus. Quels nouveaux axiomes constatez-vous ? Expliquez les.

5. Ajoutez des instances de manière à ce que le moteur d'inférence déduise que 'interop' est un CoursCollectif. Proposez au moins deux manières d'y parvenir, et indiquez laquelle vous semble la plus pertinente.

   NB: Pour rafraîchir les conclusions du moteur d'inférence, utilisez le menu 'Reasoner > Synchronize reasoner' ou tapez Ctrl+R.

6. Ajoutez à l'ontologie les classes suivantes :

   • une classe Formation (une formation comporte plusieurs cours);
   • une classe définie FormationInformatique (comportant au moins trois cours d'infomatique);
   • une classe définie CoursMutualisé (appartenant à plusieurs formations).

   Ajoutez également des instances à l'ontologie pour que toutes les classes aient au minimum une instance, mais en vous interdisant de rajouter explicitement des instances aux classes définies. Au lieu de cela, faites en sorte que le moteur d'inférence déduise que certaines des instances créées appartiennent à ces classes définies.

   Décrivez dans votre rapport les ajouts effectués et, le cas échéant, les difficultés rencontrées.

7. En passant par le menu 'File > Check for plugins', installez le plugin 'Snap SPARQL'. Pour l'utiliser, ouvrez un nouvel onglet ('Window > Create new tab'), et ajoutez-y la vue Snap SPARQL ('Window > Views > Query views > Snap SPARQL Query', puis cliquez à l'intérieur du nouvel onglet).

   Dans cet onglet, écrivez une requête qui affiche les cours collectifs enseignés par pchampin, et les étudiants par lesquels ce cours est suivi.

   Vous noterez que cette requête SPARQL utilise non seulement l'information explicitement donnée, mais également celle ajouée par les inférence.

TP n°1 (10/10/2016 et 17/10/2016)

1.1. Publication de données liées à partir d'une BDR

Mise en place

• Vous utiliserez la base disponible à l'URI suivant:

  jdbc:mysql://192.168.78.215/nobel (etudiant/etudiant)

  Alternativement, vous pouvez mettre en place votre propre base de données nobel, en y important le fichier nobel.sql (mais sans la modifier en aucune façon).

• Téléchargez l'application D2RQ.
• À l'aide du script generate-mapping, générez un premier fichier mapping.ttl pour la base nobel.

• Lancez la commande:

  d2r-server mapping.ttl

  et visitez <http://localhost:2020/>.

Votre travail

En vous appuyant sur la documentation de D2RQ, Modifiez le fichier mapping.ttl afin d'améliorer la qualité des données publiées. Vous devez notamment:

• faire en sorte que les données aient le bon type de données;
  • notez que les dates sont dans un format non-standard (MM/JJ/AAAA), qu'il faudra convertir à l'aide d'une expression SQL ;
  • notez aussi que de nombreuses chaînes vides représentent en fait l'absence de valeur ;
• établir les liens appropriés entre les instances générées par les différentes tables:
  • Prizes → Laureates,
  • Laureates → Countries ;
• mettre en place des tables de traduction pour remplacer certaines valeurs par des IRIs reconnus, par exemple :
  • les catégories de prix (en utilisant DBPedia),
  • le genre des lauréats (en utilisant <http://schema.org/Male> et <http://schema.org/Female>) ;
• mettre en place une table de traduction basée sur le fichier laureate_dbpedia.csv pour créer des liens owl:sameAs entre les lauréats et leur identifiant DBPedia;

• remplacer autant que possible le vocabulaire spécifique généré par des termes reconnus, empruntés aux vocabulaires:

  • FOAF
  • Schema.org,
  • DBPedia,
  • d'autres, le cas échéant ;

  notez qu'il peut-être pertinent de publier une information redondante, en utilisant des termes similaires provenant de vocabulaires différents.

• Il pourra également être pertinent de séparer la table Laureates en deux classes : Personne et Organisation;
  • remarquez pour cela que les organisations sont identifiable par leur genre (qui vaut 3) et ne sont décrites que par leur nom (colonne firstname).

1.2. Interrogation SPARQL

Mise en place

• Pour interroger les données liées que vous avez publiées précédemment, vous pouvez utiliser le point d'accès SPARQL du serveur D2R:

  http://localhost:2020/sparql

  par exemple en utilisant le formulaire disponible sur

  http://localhost:2020/snorql

• D2RQ ne supporte pas les requêtes fédérées. Pour en effectuer, nous allons passer par un autre outil, Corese server, qui implémente cette fonctionalité. Vous lancerez Corese, puis en vous connectant sur

  http://localhost:8080/srv/template

  vous pourrez effectuer des requêtes fédérées avec

  • une clause SERVICE redirigeant vers le point d'accès SPARQL de votre D2RQ,
  • une clause SERVICE redirigeant vers celui de DBPedia.

Votre travail

Écrivez les requêtes permettant de connaître:

• Q1: le(s) nom(s) du/des laureat(s) du prix Nobel de Chimie en 1950;
• Q2: les noms des lauréats nés dans la France actuelle, avec, le cas échéant, leur ville de naissance.
• Q3: les noms des lauréats encore vivant, avec leur année de naissance, triés par l'année de leur récompense.
• Q4: le nombre total de lauréat par année, trié par années décroissantes.
• Q5: le nombre moyen de lauréats par année.
• Q6: à l'aide d'une requête fédérée, les noms des lauréats dont un doctorant a reçu un prix Nobel avant eux, ainsi que le nom du doctorant et les années de leurs récompenses (attention à l'ordre dans lequel vous interrogez les données).
• Q7: à l'aide d'une requête fédérée, les noms des lauréats dont un enfant a reçu un prix Nobel, ainsi que le nom de cet enfant.
• Q8: à l'aide d'une requête fédérée, trouvez les trois personnes dont les doctorants ont reçu le plus de prix Nobel différents, Pour s'assurer que les prix sont différents, on comparera les années (car il n'est pas rare que plusieurs doctorants de la même personne reçoivent le même prix).

Rendu

• Le rendu se fait via Tomuss, dans l'UE "Interopérabilité", dans la cellule TP_LD1_Rendu.
• Vous y mettrez l'identifiant d'un projet, sur la forge de l'université, contenant:
  • le fichier mapping.ttl,
  • éventuellement d'autres fichiers auxquels ce dernier fait référence,
  • les fichiers Q1.sparql, Q2.sparql, etc., contenant les requêtes réclamées.
• Dans le cadre d'un travail en binôme, vous renseignerez également la cellule TP_LD1_Groupe (chacun inscrit les deux noms, écrits de la même manière).
• Le dépôt est possible jusqu'au début de la prochaine séance (24/10/2016, 14:00).