Application de la fouille de données en post-génomique

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• C. Robardet. A new bi-clustering method and its application on expression data obtained by the SAGE technique (abstract). Actes des secondes journées de post-génomique de la Doua JPGD 2002, Lyon (F),  mars 2002. Communication.

• C. Becquet, B. Jeudy, J-F. Boulicaut, S. Blachon, O. Gandrillon. Strong association rule mining for large gene expression data analysis: a case study on human SAGE data (abstract). Actes des secondes journées de post-génomique de la Doua JPGD 2002, Lyon (F),  mars 2002. Communication.

• C. Becquet, S. Blachon, B. Jeudy, J-F. Boulicaut, O. Gandrillon. Strong-association-rule mining for large-scale gene-expression data analysis: a case study on human SAGE data. Genome Biology 3(12), 2002.

• F. Rioult, J-F. Boulicaut, B. Crémilleux, J. Besson. Using transposition for pattern discovery from microarray data. Proceedings of the 8th ACM SIGMOD Workshop on Research Issues in Data Mining and Knowledge Discovery, June 2003, San Diego (USA). pp. 73-79. ID 650.

• F. Rioult, C. Robardet, S. Blachon, B. Crémilleux, O. Gandrillon, J-F. Boulicaut. Mining concepts from large SAGE gene expression matrices. Proceedings of the 2nd International Workshop on Knowledge Discovery in Inductive Databases KDID'03 co-located with ECML/PKDD 2003, Cavtat-Dubrovnik (HR), September  2003. ISBN: 953-6690-34-9, pp. 107-118.

• S. Blachon, C. Robardet, J-F. Boulicaut, O. Gandrillon. Extraction de régularités dans des données d'expression SAGE humaines. Actes de la journée Informatique pour l'analyse du transcriptome JPGD'03, Lyon (F), mai 2003. 18 pages.

• J-F. Boulicaut, F. Rioult, J. Besson, B. Crémilleux, S. Rome. Faisabilité des extractions d'ensembles fréquents dans des données biopuces : éléments de solution. Actes de la journée Informatique pour l'analyse du transcriptome JPGD'03, Lyon (F),  Mai 2003. 13 pages.

• O. Gandrillon, J-F. Boulicaut, C. Robardet, S. Blachon, J. Besson, S. Rome. Recherche de groupes de gènes intéressants dans des données d'expression : apport des ensembles fréquents. Résumé de deux pages présenté à l'atelier Fouille de données biopuces à EGC 2003, Lyon (F), 22 janvier 2003.

• S. Blachon, C. Robardet, J-F. Boulicaut, O. Gandrillon. Association rule discovery as a tool for exploring very large gene expression matrices generated by SAGE. International symposium SAGE 2003, Amsterdam (NL), January 2003. 2 pages abstract and communication.

• R. G. Pensa, C. Leschi, J. Besson, J-F. Boulicaut. Assessment of discretization techniques for relevant pattern discovery from gene expression data. Proceedings of the 4th ACM Workshop on Data Mining in Bioinformatics BIOKDD'04, August 2004, Seattle (USA), pp. 24-30.

• R. G. Pensa, J. Besson, J-F. Boulicaut. A methodology for biologically relevant pattern discovery from gene expression data. Proceedings of the 7th International Conference on Discovery Science DS 2004, Padova (I), October 2004. Springer LNAI 3245, pp. 230-241.

• S. Blachon, C. Robardet, J-F. Boulicaut, O. Gandrillon. Extraction de connaissances dans des données d'expression SAGE humaines. Chapitre 7 de "Informatique pour l'analyse du transcriptome", pages 207-230. Hermes Lavoisier, Traité IC2, 2004.

• J. Besson, F. Rioult, B. Crémilleux, S. Rome, J-F. Boulicaut. Solutions pour le calcul d'ensembles fréquents dans des données biopuces. Chapitre 8 de "Informatique pour l'analyse du transcriptome", pages 231-254. Hermes Lavoisier, Traité IC2, 2004.

• C. Robardet, C. Nedellec, J-F. Boulicaut. Fouille de données et analyse du transcriptome. Chapitre 4 de "Informatique pour l'analyse du transcriptome", pages 101-141, Hermes Lavoisier, Traité IC2, 2004.

• J. Besson, C. Robardet, E. Meugnier, S. Rome, J-F. Boulicaut. Extraction of relevant transcription modules using pattern discovery. Integrative Post-Genomics IPG'04, Lyon (F), octobre 2004. Poster and communication.

• E. Meugnier, S. Rome, J. Besson, R. Rabasa-Lhoret, J-P. Riou, K. Clément, M. Laville, H. Vidal. Expression Profiling in Muscle of Type 2 Diabetic Patients during hyperinsulinemia provides new tracks to decipher the molecular defects of insulin resistance in human skeletal muscle. Integrative Post-Genomics IPG'04, Lyon (F), octobre 2004. Poster.

• E. Meugnier, S. Rome, J. Besson, R. Rabasa-Lhoret,J-P. Riou,G. Barsh,K. Clément, M. Laville, H. Vidal. Mise en évidence d’une profonde altération de l’expression des gènes en réponse à l’insuline dans le muscle de patients diabétiques de type II. Screening à large échelle en utilisant des puces à ADN pangénomique. ALFEDIAM, Bordeaux, Nice 2004.

• E. Meugnier, S. Rome, J. Besson, R. Rabasa-Lhoret, V. Pelloux, G. S. Barsh, J-P. Riou, M. Laville, K. Clement, H. Vidal. L’analyse du transcriptome de muscles de patients obèses et diabétiques de type 2 révèle une profonde altération transcriptionnelle en situation d’insulino-résistance au cours d’un clamp hyperinsulinémique. AFERO, Nancy, novembre 2004.

• E. Meugnier, S. Rome, J. Besson, R. Rabasa-Lhoret, V. Pelloux, J-P. Riou, M. Laville, K. Clement, H. Vidal. L’analyse du transcriptome de muscles au cours d’un clamp hyperinsulinémique révèle une profonde altération de la régulation transcriptionnelle chez les patients diabétiques de type 2. ALFEDIAM, Lyon, mars 2005.

• R. G. Pensa, J-F. Boulicaut. Boolean property encoding for local set pattern discovery: an application to gene expression data analysis. Local Pattern Detection. Springer LNAI 3539, pp. 115-134, 2005.

• S. Blachon, R. G. Pensa, J. Besson, C. Robardet, J-F. Boulicaut. Using formal concepts from biological knowledge discovery from human SAGE data. Poster JOBIM 2005, Lyon (F), juillet 2005.

• J. Besson, E. Meugnier, J-F. Boulicaut, E. Lefai, H. Vidal, S. Rome. Resolving transcription network from microarray data with constraint-based formal concept mining. Poster JOBIM 2005, Lyon (F), juillet 2005.

• I. Mitasiunaité. Vers des bases de données inductives pour l'étude de la régulation génique. Mémoire Master Recherche MR2 Mathématique et Informatique pour le Vivant Spécialité MBM, INSA Lyon, juillet 05.

• R. G. Pensa, J. Besson, C. Robardet, J-F. Boulicaut. Contribution to gene expression data analysis by means of set pattern mining. Constraint-based mining and Inductive Databases. Springer LNCS 3848, pp. 328-347, 2006.

• S. Blachon. Extraction de connaissances dans les données SAGE humaines : application à la recherche de groupes de synexpression impliqués dans des voies oncogènes. Thèse de doctorat de l’INSA Lyon présentée le 15 juin 2007.

• Y. Sanchez-Dehesa, L. Cerf, J-M. Pena, J-F. Boulicaut, G. Beslon. Artificial Regulatory Network Evolution. Proceedings Int. Workshop Machine Learning in Systems Biology MLSB'07, Evry (F), September 2007, pp. 47-52.

• S. Blachon, R. G. Pensa, J. Besson, C. Robardet, J-F. Boulicaut, O. Gandrillon. Clustering formal concepts to discover biologically relevant knowledge from gene expression data. In Silico Biology 7 (0033), 2007.

• J. Leyritz, S. Schicklin, S. Blachon, C. Keime, C. Robardet, J-F. Boulicaut, J. Besson, R. G. Pensa, O. Gandrillon. SQUAT: a web tool to mine human, murine, and avian SAGE data. BMC Bioinformatics 9(378), 2008.

• I. Mitasiunaite, C. Rigotti, S. Schicklin, L. Meyniel, J-F. Boulicaut, O. Gandrillon. Extracting Signature Motifs from Promoter Sets of Differentially Expressed Genes. In Silico Biology 8(0043), 2008.

• G. Beslon, D.P. Parsons, J.M. Pena, C. Rigotti and Y. Sanchez-Dehesa. From Digital Genetics to Knowledge Discovery: Perspectives in Genetic Network Understanding, Intelligent Data Analysis 14(2): 173-191 (2010).

• C. Rigotti, I. Mitasiunaite, J. Besson, L. Meyniel, J-F. Boulicaut, O. Gandrillon. Using a Solver over the String Pattern Domain to Analyse Gene Propoter Sequences. In: Inductive Databases and Constraint-Based Data Mining, S. Dzeroski, B. Goethals, and P. Panov (Eds), Springer. pp. 407-424. 2010.