BDBIO : base de données pour la bioinformatique
Cet enseignement du Master Bioinfo a pour objectifs d’introduire les concepts principaux de la gestion de données ainsi que des modèles de données populaires (relationnel, XML, RDF, JSON) et de l'intégration de données. Voir la description de l'UE BDBIO sur le site des offres de formation (code APOGEE INF1151M).
Télécharger le document d'organisation de BDBIO (objectifs, planning, évaluation).
Diapositives de cours
| Séance | Supports de cours | Autres ressources |
|---|---|---|
| CM1 | Introduction à la gestion de données Modélisation conceptuelle (version sans animation) Modélisation logique pour SGBD relationnels (version sans animation) | |
| CM2 | Modélisation physique pour SGBD relationnels (version sans animation) Bases du SQL (version sans animation) SQL avancé (version sans animation) | |
| CM3 | Introduction aux SGBD non relationnels XML, XPath, et XQuery | |
| CM4 | MongoDB RDF et SPARQL | |
| CM5 | Intégration de données |
Sujets de TP et projet
| Séance | Sujet | Autres ressources |
|---|---|---|
| TP1 | Modélisation relationnelle | |
| TP2 | Requêtes SQL | Script SQL du génome EBV |
| TP3 | XML, XPath et XQuery | Fichier XML du protéome EBV |
| TP4 | RDF et SPARQL | Fichier RDF du protéome humain |
| TP5 à TP8 | Lien projet git | Exemple de projet |
Sujets de TD
| Séance | Sujet |
|---|---|
| TD1 | Modélisation relationnelle |
| TD2 | Manipulation relationnelle (SQL) |
| TD3 | XML, XPath et XQuery |
| TD4 | RDF, SPARQL et JSON |
| TD5 | Intégration de données |
Examens (annales)
Bibliographie
- [Not] Only SQL. Framabook, 2019. Vincent Lozano et Etienne Georges.
- Introduction aux bases de données. Vuibert, 2004. Chris J..
- Bases de données : de la modélisation au SQL. Ellipses, 2009. Audibert Laurent.
- Le Langage SQL : pratiques de base et concepts avancés. Ellipses, 2011. Baurand Frédéric.
- RDF database systems : triples storage and SPARQL query processing. Morgan Kaufmann, 2015. Curé, Olivier et Blin, Guillaume.
- Les bases de données NoSQL et le Big Data : comprendre et mettre en œuvre. Eyrolles, 2015. Rudy Bruchez.