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Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information

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Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information
UMR 5205 CNRS / INSA de Lyon / Université Claude Bernard Lyon 1 / Université Lumière Lyon 2 / École Centrale de Lyon
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Hugues Berry

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Research Director (HDR)

Team Artificial Evolution and Computational Biology
 
Institution (INRIA Rhône-Alpes)
Location INRIA Antenne Lyon La Doua
 
E-mail hugues.berry at inria.fr
URL http://www.inrialpes.fr/Berry/
Contact details Publications

Publications LIRIS for Hugues Berry (44)

  • 2017 (1)
    • Journals (1)
      • International journals with peer review (1)
  • 2016 (2)
    • Journals (2)
      • International journals with peer review (2)
        •  Hugues Berry, Thomas Lepoutre & Álvaro Mateos González (2016). « Quantitative convergence towards a self similar profile in an age-structured renewal equation for subdiffusion ». Acta Applicandae Mathematicae, 145, pp. 15-45. ArXiv : 1503.08552. HAL : hal-01136667. .
        •  Yihui Cui, Ilya Prokin, Hao Xu, Bruno Delord, Stéphane Genet, Laurent Venance & Hugues Berry (2016). « Endocannabinoid dynamics gate spike-timing dependent depression and potentiation ». eLife, vol. 5, e13185. doi : 10.7554/eLife.13185. HAL : hal-01279901. .
  • 2015 (2)
    • Journals (2)
      • International journals with peer review (2)
        •  Yihui Cui, Vincent Paille, Hao Xu, Stéphane Genet, Bruno Delord, Elodie Fino, Hugues Berry & Laurent Venance (2015). « Endocannabinoids mediate bidirectional striatal spike-timing dependent plasticity ». Journal of Physiology, vol. 593, 13, pp. 2833-2849. doi : 10.1113/JP270324. HAL : hal-01141205. .
        •  Zayna Chaker, Saba Aïd, Hugues Berry & Martin Holzenberger (2015). « Suppression of IGF-I signals in neural stem cells enhances neurogenesis and olfactory function during aging ». Aging Cell, p. 10. doi : 10.1111/acel.12365. HAL : hal-01163564. .
  • 2014 (9)
    • Journals (8)
      • International journals with peer review (8)
        •  Hugues Berry & Hugues Chaté (2014). « Anomalous diffusion due to hindering by mobile obstacles undergoing Brownian motion or Orstein-Ulhenbeck processes ». Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, vol. 89, 2, p. 022708. doi : 10.1103/PhysRevE.89.022708. ArXiv : 1103.2206. HAL : inria-00575651. .
        •  Jules Lallouette, Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob & Hugues Berry (2014). « The topology of astrocyte networks controls the propagation of intercellular calcium waves ». BMC Neuroscience, vol. 15, Suppl 1, p. 205. HAL : hal-01026523. .
        •  Jules Lallouette, Maurizio De Pittà, Eshel Ben Jacob & Hugues Berry (2014). « Sparse short-distance connections enhance calcium wave propagation in a 3D model of astrocyte networks ». Frontiers in Computational Neuroscience, vol. 8, p. 45. doi : 10.3389/fncom.2014.00045. HAL : hal-00967106. .
        •  Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon & Hugues Berry (2014). « Comments to the Editor. Reply to the Comment by V.P. Shkilev on "Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium" ». Biophysical Journal, vol. 106, 11, pp. 2544-2546. doi : 10.1016/j.bpj.2014.03.052. HAL : hal-00956603. .
        •  Hugues Berry & H. A. Soula (2014). « Spatial distributions at equilibrium under heterogeneous transient subdiffusion ». Frontiers in Physiology, vol. 5, p. 437. doi : 10.3389/fphys.2014.00437. HAL : hal-01077735. .
        •  Gilad Wallach, Jules Lallouette, Nitzan Herzog, Maurizio De Pittà, Eshel Ben Jacob, Hugues Berry & Yael Hanein (2014). « Glutamate Mediated Astrocytic Filtering of Neuronal Activity ». PLoS Computational Biology, vol. 12, 10, e1003964. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003964. HAL : hal-01077738. .
        •  Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob & Hugues Berry (2014). « Astrocytic theory of working memory ». BMC Neuroscience, vol. 15, Suppl 1, p. 206. HAL : hal-01026524. .
        •  Amanda Lo Van, Hédi Soula & Hugues Berry (2014). « Space-induced bifurcation in repression-based transcriptional circuits ». BMC Systems Biology, vol. 8, p. 125. HAL : hal-01068558. .
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Jeremie Naudé, Bruno Cessac, Hugues Berry & Bruno Delord (2014). « Effects of Cellular Homeostatic Intrinsic Plasticity on Dynamical and Computational Properties of Biological Recurrent Neural Networks ». LACONEU 2014, 31 january 2014, Valparaiso (Chili). doi : 10.1523/JNEUROSCI.0870-13.2013. HAL : hal-01095601.
  • 2013 (7)
    • Journals (3)
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance & Hugues Berry (2013). « Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach ». the Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting: CNS*2013, 13 july 2013, Paris (France), O1. doi : 10.1186/1471-2202-14-S1-O1. HAL : inserm-00842298. .
    • Book edition (books, chapters, seminars, congress, special numbers) (2)
      •  Hugues Berry & Guillaume Beslon (2013). « De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs ». Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, Franck Varenne and Marc Silberstein, Editions Matériologiques, Paris. HAL : hal-00815550.
      •  Hugues Berry (2013). « Modélisation de la diffusion-réaction dans les milieux intracellulaires encombrés ». Le vivant discret et continu, Glade, Nicolas and Stéphanou, Angélique, Editions Matériologiques, pp. 241-266. HAL : hal-00858738.
    • Others (1)
      •  Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance & Hugues Berry (2013). « Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach ». Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting : CNS 2013, 18 july 2013, Paris (France). HAL : hal-00842299. .
  • 2012 (4)
    • Journals (3)
      • International journals with peer review (3)
        •  Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Vladimir Parpura, Andrea Volterra & Eshel Ben-Jacob (2012). « Computational quest for understanding the role of astrocyte signaling in synaptic transmission and plasticity ». Frontiers in Computational Neuroscience, vol. 6, p. 68. doi : 10.3389/fncom.2012.00098. HAL : hal-00762313. .
        •  Jérémie Naudé, Jeanne T. Paz, Hugues Berry & Bruno Delord (2012). « A THEORY of RATE CODING CONTROL by INTRINSIC PLASTICITY EFFECTS ». PLoS Computational Biology, vol. 8, 1, e1002349. doi : 10.1371/ journal.pcbi.1002349. HAL : hal-00645336. .
        •  Nikolaos Vlassopoulos, Nazim Fatès, Hugues Berry & Bernard Girau (2012). « Large-scale Simulations on FPGAs: Finding the Asymptotic Critical Threshold of the Greenberg-Hastings Cellular Automata ». Journal of Cellular Automata, vol. 7, 1, pp. 5-29. HAL : hal-00644660.
    • Conferences (1)
  • 2011 (3)
    • Journals (2)
      • International journals with peer review (2)
        •  Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry & Eshel Ben-Jacob (2011). « A tale of two stories: astrocyte regulation of synaptic depression and facilitation ». PLoS Computational Biology, vol. 7, 12, e1002293. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002293. HAL : inria-00633588. .
        •  Hugues Berry & Nazim Fatès (2011). « Robustness of the critical behavior in the stochastic Greenberg-Hastings cellular automaton model ». International Journal of Unconventional Computing, vol. 7, pp. 65-85. HAL : hal-01354457.
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Atif Hashmi, Hugues Berry, Olivier Temam & Mikko Lipasti (2011). « Automatic Abstraction and Fault Tolerance in Cortical Microachitectures ». 38th ACM/IEEE International Symposium on Computer Architecture, ISCA 2011, 8 march 2011, San Jose, CA (États-Unis). HAL : inria-00579771. .
  • 2010 (8)
    • Journals (3)
      • International journals with peer review (2)
        •  Stéphane Genet, Loïc Sabarly, Emmanuel Guigon, Hugues Berry & Bruno Delord (2010). « Dendritic signals command firing dynamics in a mathematical model of cerebellar Purkinje cells. ». Biophysical Journal, vol. 99, 2, pp. 427-36. doi : 10.1016/j.bpj.2010.04.056. HAL : inria-00575654.
        •  Mati Goldberg, Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry & Eshel Ben-Jacob (2010). « Nonlinear gap junctions enable long-distance propagation of pulsating calcium waves in astrocyte networks. ». PLoS Computational Biology. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000909. HAL : inria-00575656. .
      • Other journals (1)
    • Conferences (5)
      • International conferences with peer review (4)
        •  Nikolaos Vlassopoulos, Nazim Fatès, Hugues Berry & Bernard Girau (2010). « An FPGA Design for the Stochastic Greenberg-Hastings Cellular Automata ». International Conference on High Performance Computing & Simulation - HPCS 2010, Caen (France), pp. 565-574. HAL : inria-00522193.
        •  Sylvain Girbal, Sami Yehia, Hugues Berry & Olivier Temam (2010). « Stream and Memory Hierarchy Design for Multi-Purpose Accelerators ». 1st Workshop on SoC Architecture, Accelerators and Workloads (SAW-1), 1 january 2010, Bangalore (Inde). HAL : inria-00633580. .
        •  Dominik Auras, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam & Sami Yehia (2010). « Memory Interface for Multi-Purpose Multi-Stream Accelerators ». International Conference on Compilers, Architectures and Synthesis for Embedded Systems, CASES 2010, Scottsdale, AZ (États-Unis). HAL : inria-00633587.
        •  Dominik Auras, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam & Sami Yehia (2010). « CMA: Chip Multi-Accelerator ». IEEE Symposium on Application Specific Processors, SASP 2010., Anaheim, CA (États-Unis). HAL : inria-00633586.
      • National conferences with peer review (1)
        •  Mati Goldberg, Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry & Eshel Ben-Jacob (2010). « On the determinants of calcium wave propagation distance in astrocyte networks: nonlinear gap junctions and oscillatory modes ». Cinquième conférence plénière française de Neurosciences Computationnelles, "Neurocomp'10", 8 august 2010, Lyon (France). HAL : hal-00553419. .
  • 2009 (4)
    • Journals (1)
      • International journals with peer review (1)
        •  Maurizio De Pittà, Mati Goldberg, Vladislav Volman, Hugues Berry & Eshel Ben-Jacob (2009). « Glutamate regulation of calcium and IP3 oscillating and pulsating dynamics in astrocytes. ». Journal of Biological Physics, vol. 35, 4, pp. 383-411. doi : 10.1007/s10867-009-9155-y. HAL : inria-00575653.
    • Conferences (3)
      • International conferences with peer review (3)
        •  Nazim Fatès & Hugues Berry (2009). « Robustness of the critical behaviour in a discrete stochastic reaction-diffusion medium ». IWNC'09, Himeji (Japon). HAL : inria-00396473. .
        •  Fei Jiang, Hugues Berry & Marc Schoenauer (2009). « The impact of network topology on self-organizing maps. ». First ACM/SIGEVO Summit on Genetic and Evolutionary Computation, GEC-2009, Shangai (China). HAL : inria-00633584.
        •  Sami Yehia, Sylvain Girbal, Hugues Berry & Olivier Temam (2009). « Reconciling Specialization and Flexibility Through Compound Circuits. ». 5th International Symposium on High-Performance Computer Architecture, HPCA, Raleigh, North Carolina (États-Unis). HAL : inria-00633585.
  • 2008 (3)
    • Journals (2)
      • International journals with peer review (1)
        •  Benoit Siri, Hugues Berry, Bruno Cessac, Bruno Delord & Mathias Quoy (2008). « A mathematical analysis of the effects of Hebbian learning rules on the dynamics and structure of discrete-time random recurrent neural networks. ». Neural Computation, vol. 20, pp. 2937-2966. HAL : inria-00633582.
      • Other journals (1)
        •  Hugues Berry & Joanna Jongwane (2008). « Quand les bactéries se mêlent du calcul des ordinateurs ». Interstices. HAL : hal-01350414.
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Fei Jiang, Hugues Berry & Marc Schoenauer (2008). « Unsupervised Learning of Echo State Networks: Balancing the Double Pole ». Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO-2008, Atlanta, GA (États-Unis). HAL : inria-00633583.
  • 2007 (1)
    • Journals (1)
      • International journals with peer review (1)
        •  Benoît Siri, Mathias Quoy, Bruno Delord, Bruno Cessac & Hugues Berry (2007). « Effects of Hebbian learning on the dynamics and structure of random networks with inhibitory and excitatory neurons. ». Journal of Physiology - Paris, vol. 101, 1-3, pp. 136-48. doi : 10.1016/j.jphysparis.2007.10.003. HAL : inria-00633581.

External publications

Publications outside LIRIS for Hugues Berry (24)

  • 2015 (1)
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Bruno Cessac, Jérémie Naudé, Hugues Berry & Bruno Delord (2015). « Control of recurrent neural network dynamics by homeostatic intrinsic plasticity ». Workshop on neural population dynamics, 4 february 2015, Gif sur Yvette (France). HAL : hal-01225622.
  • 2012 (2)
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Jules Lallouette & Hugues Berry (2012). « Topology drives calcium wave propagation in 3D astrocyte networks ». European Conference on Complex Systems 2012, Bruxelles (Belgium). HAL : hal-00758998. .
    • Others (1)
      •  Jules Lallouette, Mati Goldberg, Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob & Hugues Berry (2012). « The remarkable effect of network topology on calcium wave propagation in astrocyte networks ». Multidisciplinary approaches to quantify astrocyte neuron signaling, 14 july 2012, Barcelona (Espagne). HAL : hal-00759232. .
  • 2011 (2)
    • Journals (1)
      • International journals with peer review (1)
        •  Hugues Berry & Nazim Fatès (2011). « Robustness of the Critical Behaviour in the Stochastic Greenberg-Hastings Cellular Automaton Model ». International Journal of Unconventional Computing, vol. 7, 1-2, pp. 65-85. HAL : inria-00598379.
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Atif Hashmi, Hugues Berry, Olivier Temam & Mikko Lipasti (2011). « Automatic Abstraction and Fault Tolerance in Cortical Microarchitectures ». ACM/IEEE, International Symposium on Computer Architecture (ISCA), 20 june 2011, San Jose, CA (États-Unis). HAL : hal-00656658.
  • 2009 (1)
    • Others (1)
      •  David Chavalarias, Paul Bourgine, Edith Perrier, Fréderic Amblard, François Arlabosse, Pierre Auger, Jean-Bernard Baillon, Olivier Barreteau, Pierre Baudot, Elisabeth Bouchaud et al. (2009). « French Roadmap for complex Systems 2008-2009 ». This second issue of the French Complex Systems Roadmap by the French National Network for Complex SYstems (http://RNSC.fr) and the Paris Ile-de-France Complex Systems Institute (http://iscpif.fr) is the outcome of the “Entretiens de Cargèse 2008”, an interdisciplinary brainstorming session organized over one week in 2008, jointly by RNSC, ISC-PIF and IXXI. It capitalizes on the first roadmap and gathers contributions of more than 70 scientists from major French institutions. HAL : hal-00392486. .
  • 2008 (5)
    • Journals (2)
      • International journals with peer review (1)
        •  Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoi Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu, Adrien Six et al. (2008). « From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems ». Theoretical Biology Insights, vol. 1, pp. 13-22. HAL : inria-00331281.
      • Other journals (1)
        •  Hugues Berry & Olivier Temam (2008). « Bioinformatique : de la cellule à la puce. Alchimistes de l'informatique, entretien avec Hugues Berry et Olivier Temam, propos recueillis par Dominique Chouchan. ». Les Cahiers de l'INRIA - La Recherche. HAL : inria-00546805. .
    • Conferences (2)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Fei Jiang, Hugues Berry & Marc Schoenauer (2008). « Supervised and Evolutionary Learning of Echo State Networks ». International Conference on Parallel Problem Solving From Nature, 13 september 2008, Dortmund (Allemagne). HAL : inria-00337235. .
      • National conferences with peer review (1)
        •  Jérémie Naudé, Stéphane Genet, Hugues Berry, Séverine Mahon, Jeanne Paz & Bruno Delord (2008). « A formalization of the computational impact of intrinsic plasticity ». Deuxième conférence française de Neurosciences Computationnelles, "Neurocomp08", 8 october 2008, Marseille (France). HAL : hal-00331558. .
    • Others (1)
      •  Benoit Siri, Hugues Berry, Bruno Cessac, Bruno Delord & Mathias Quoy (2008). « A mathematical analysis of the effects of Hebbian learning rules on the dynamics and structure of discrete-time random recurrent neural networks ». Article. ArXiv : 0705.3690. HAL : inria-00149181. .
  • 2007 (5)
    • Journals (2)
    • Conferences (1)
      • International conferences with peer review (1)
        •  Fei Jiang, Hugues Berry & Marc Schoenauer (2007). « Optimising the topology of complex neural networks ». ECCS'07, 1 october 2007, Dresden (Allemagne). ArXiv : 0710.0213. HAL : inria-00175721. .
    • Others (2)
      •  Benoit Siri, Mathias Quoy, Bruno Delord, Bruno Cessac & Hugues Berry (2007). « Effects of Hebbian learning on the dynamics and structure of random networks with inhibitory and excitatory neurons ». ArXiv : 0706.2602. HAL : inria-00155580. .
      •  Hugues Berry (2007). « Nonequilibrium phase transition in scattered cell communities coupled by auto/paracrine-like signalling ». HAL : inria-00201086. .
  • 2006 (3)
    • Journals (3)
      • National journals with peer review (3)
        •  Daniel Gracia-Perez, Hugues Berry & Olivier Temam (2006). « A Sampling Method Focusing on Practicality ». IEEE Micro. HAL : inria-00158808. .
        •  Hugues Berry, Delphine Pellenc & Olivier Gallet (2006). « Adsorption-induced fibronectin aggregation and fibrillogenesis ». Journal of Colloid and Interface Science, vol. 298, pp. 132-144. HAL : inria-00001063.
        •  Hugues Berry, Daniel Gracia Pérez & Olivier Temam (2006). « Chaos in computer performance ». Chaos, vol. 16, 1, p. 013110. doi : 10.1063/1.2159147. ArXiv : nlin.AO/0506030. HAL : inria-00000109. .
  • 2005 (5)
    • Journals (3)
      • International journals with peer review (1)
        •  Hugues Berry & Mathias Quoy (2006). « Structure and dynamics of random recurrent neural networks ». Adaptive Behavior, 14, pp. 129-137. HAL : inria-00001065. .
      • National journals with peer review (2)
        •  Hugues Berry & Olivier Temam (2005). « Characterizing Self-Developing Biological Neural Networks: A First Step Towards their Application To Computing Systems ». Lecture notes in computer science, vol. 3512, pp. 306-317. ArXiv : q-bio.NC/0505021. HAL : inria-00000024. .
        •  Hugues Berry, Delphine Pellenc & Olivier Gallet (2005). « Adsorption-induced conformational changes in protein diffusion-aggregation surface assemblies ». Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, vol. 72, p. 051904. HAL : inria-00001064.
    • Conferences (2)
      • National conferences with peer review (2)
        •  Daniel Gracia Pérez, Hugues Berry & Olivier Temam (2005). « IDDCA: A New Clustering Approach For Sampling ». MoBS: Workshop on Modeling, Benchmarking, and Simulation, 4 june 2005, Madison, Wisconsin. HAL : inria-00001062. .
        •  Daniel Gracia Pérez, Hugues Berry & Olivier Temam (2005). « Budgeted Region Sampling (BeeRS): Do Not Separate Sampling From Warm-Up, And Then Spend Wisely Your Simulation Budget ». 5th IEEE International Symposium on Signal Processing and Information Technology, Athens, Greece. HAL : inria-00001061. .

Last update : 2016-02-12 11:48:08